Для предсказания вторичной структуры белка бифункционального белка GlmU (PDB-код: 4AAW)
была использована программа DSSP. Её выдача здесь.
На Рис. 1 представлена структра данного белка с раскраской по вторичной структуре.
Рис. 1. Раскраска белка GlmU по вторичной структуре. Красным цветом обозначены альфа-спирали,
жёлтым - бета-тяжи, зеленым - петли.
Для сравнения результатов предсказания DSSP с информацией из PDB-файла были выбраны
две альфа-спирали и 2 бета-тяжа (Таблица 1). На Рис. 2 выделены эти элементы вторичной структуры.
Границы элементов вторичной структуры, предсказанные DSSP, практически совпадают с границами из PDB.
Предсказание для бета-тяжей точное, предсказание для альфа-спиралей в худшем случае отличаются на 1 остаток.
Из редких элементов в данной структуре можно отметить наличие 3/10-спиралей - очень "тугие",
в сечении имеет форму треугольника, в белках встречается в основном её правая форма, и то только в виде 1-2 витков (Рис. 3).
