Практикум №7

Главная

Практикум №7: "Построение и анализ поверхностей в PyMOL"

Для работы была выбрана структура белка BRD4 ET человека (PDB-код: 6BNH). Структура была получена методом ЯМР. Белок содержит две цепи. Число моделей ЯМР: 20. На Рис. 1 изображена молекулярная поверхность для первой модели.

Рис. 1. ЯМР-структура 6BNH, показана молекулярная поверхность на фоне первой модели.

Для всех 20 моделей было вычислено значение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя.

Рис. 2. Распределение площади молекулярной поверхности.

Рис. 3. Распределение площади, доступной для растворителя.

На Рис. 4 показано совместное распределение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя. Значения сильно разбросаны, но при линейной аппроксимации наблюдается зависимость: с ростом площади молекулярной поверхности увеличивается площадь поверхности, доступной для растворителя.

Рис. 4. Совместное распределение площади молекулярной поверхности (по оси X) и площади, доступной для растворителя (по оси Y).

На Рис. 5-6 показаны остатки, отвечающие за межцепочечные контакты. Контактами считаем любые группы атомов двух биомолекул на расстоянии, не превышающем 3.5 ангстрем и фрагменты поверхностей межцепочечных контактов.

Рис. 5. Остатки, отвечающие за межцепочечные контакты, и фрагменты поверхностей контактов.

Рис. 6. Остатки, отвечающие за межцепочечные контакты, и фрагменты поверхностей контактов.