Для изучения в этом практикуме было выбрано семейство белковых доменов 14-3-3
Таблица 1. Информация о семействе доменов
| Параметр | Информация |
|---|---|
| AC pfam | PF00244 |
| ID pfam | 14-3-3 protein |
| #SEED | 135 |
| #All | 2427 |
| #SW | 147 |
| #architectures | 320 |
| #3D | 700 |
| Taxonomy | |
| #eukaryota | 24427 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 0 |
14-3-3 белки это большое семейство белков размером примерно 30 кДа, которые в виде гомо- или гетеродимеров встречаются во всех эукариотических клетках. Данные белки связываясь с фосфорилированными белками (преимущественно с белками, содержащими фосфотреониновые или фосфосериновые мотивы) осуществляют внутриклеточную регуляцию и участвуют во множестве сигнальных путей. Воздействие на клеточный сигналинг осуществляется одним из трех путей: прямой регуляцией каталитической активности связываемого белка, регуляцией взаимодействий между связанным белком и прочими молекулами или контролируя внутриклеточную локализацию белка-лиганда.
14-3-3 белок может быть в целом и общем разделен на подверженные изменениям терминальные участки и консервативное центральное "ядро". Ядро формирует амфифильный "желоб", который представляет собой основной функциональный домен взаимодействующий с регулируемыми белками.
Мономер 14-3-3 состоит из 9 спиралей, организованных антипараллельно и образующих L-образную структуру.
Таблица 2. Характеристики выравнивания белковых доменов 14-3-3
| Параметр | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | Последовательности: 135 Колонки: 300 | |
| Максимальный достоверный блок, включающий ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Колонки: 158–169 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | Колонки: 165, 169 | |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll). Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. | Последовательности: 1–64 Колонки 288–299 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | Колонки: 288–299 | Все колонки данного блока абсолютно консервативны |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | Колонки: 83–104 |
Ссылка на скачивание проекта в Jalview
| Информация | |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF00244 — PF00244 |
| Белок с архитектурой 1 | Q7M332 |
| Доменная архитектура 2 | PF00244 — PF00244 — PF00244 |
| Белок с архитектурой 2 | A0A0L7RIW3 |
На сайте PFAM мы можем видеть, что архитектура PF00244 — PF00244 представлена двумя доменами, лежащими друг за другом с расстоянием в 1 аминокислоту (9–72 и 74–145). Архитектура PF00244 — PF00244 — PF00244 в свою очередь представлена 3 доменами, лежащими на небольшом расстоянии друг от друга (12–197, 207–265, 278–367). В целом, именно это мы и можем видеть на графике: доменные участки первого белка выравниваются несколько раз с доменными участками второго.