Практикум 3. PDB и PyMOL

В данном практикуме мною обозревается белок с pdb id 4AG6, полное название - Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein (секреторный путь 4 типа VirB4- подобный белок. Ассиметрическая единица данного белка представлена 4 одинаковыми цепями. Биологическая единица – двумя, образующими гомодимер.

Рис.1. Ассиметрическая единица
Рис.2. Биологическая единица

В клетке данный белок может встречаться как в виде мономера, так и в виде гомодимера. Данный белок был выделена из бактерии Thermoanaerobacter pseudothanolicus и выполняет функцию сайта связывания.

Вторичная структура белка преимущественно представлена альфа-спиралями, одна тяжи так же присутствуют

Рис. 3. Покраска по вторичной структуре

Мутаций относительно референса в последовательности данного белка обнаружено не было, однако была найдена модификация метионина в селенометионин.

В белке присутствуют сульфат-ионы (SO4, sulfate ion)

Рис. 4. Сульфат-ион и его белковое микроокружение на расстоянии 5 ангстрем