Для поиска белков бактерии Mycoplasmopsis pulmonis был использован поиск по таксону (taxonomy_id:2107).
Из данного протеома был отобран белок TSAD_MYCPU. Основным критерием для отбора стало наличие annotation score больше или равного трём,
также отбор происходил на основании (отбирались белки приблизительно среднестатистической длины) и просто исходя из интереса к их названию.
TSAD_MYCPU — тРНК-N6-аденозин-треонилкарбамоилтрансфераза. Запись относится к базе данных SwissProt. Длина белка составляет 302 аминокислоты. Осуществляет перенос треонилкарбамоильной группы на аденозин 37 позиции тРНК. Данная модификация необходима для узнавания аденина в кодоне в первой позиции.
Почитав текстовый UniProt файл, я выяснил, что данный белок имеет в качестве кофактора Fe2+.
Используя поиск по ацилтрансферазам, коей является данный белок, и кофакторам
((ec:2.3.1.*) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:29033")),
я выяснил, что большинство ацилтрансфераз, встречающихся в базах данных UniProt, является треонилкарбамоилтрансферазами.
Следующим запросом ((ec:2.3.1.234) AND (taxonomy_id:2759) NOT (cc_scl_term:SL-0173))
я выяснил, что у эукариот белок этой функции встречается и вне митохондрий, что означает, что данная модификация эукариотам
так же необходима, как и бактериям.
При поиске по таксону эукариот и Fe2+ как кофактору обнаружилось, что в базе данных есть всего одна запись о таком белке.
Исходя из этого можно предположить, что несмотря на то, что белок данной функции есть и у эукариот,
данная реакция у эукариот и бактерий катализируется по-разному.