Описание генома вируса Tamiami
По типу носителя генома вирус Tamiami классифицируется как ssRNA negative-strand virus, т.е. носителем информации является одноцепочечная РНК негативной полярности. Основным носителем вируса является щетинистый хлопковый хомяк (Sigmodon hispidus), обитатель южной Флориды [1], [2].
По данным NCBI, геном вируса состоит из двух молекул РНК, по два гена в каждой. Первая молекула РНК (сегмент L) содержится в записи NC_010702.1 базы данных RefSeq и в записи AY924393.1 базы данных GenBank. Вторая (сегмент S) содержится в записи NC_010701.1 RefSeq и в записи AF485263.1 GenBank. В выданной мне записи приведена нуклеотидная последовательность хромосомы L длиной 7141 нуклеотидов. Информация о генах приведена в таблице 1.
Таблица 1. Гены в геноме вируса Tamiami
| № | Сегмент | Начало | Конец | Ориентация | Длина | Продукт |
| 1 | S | 81 | 1538 | +1 | 1458 | glycoprotein precursor |
| 2 | S | 1721 | 3418 | -1 | 1698 | nucleocapsid protein |
| 3 | L | 80 | 367 | +1 | 288 | Z protein |
| 4 | L | 446 | 7111 | -1 | 6666 | RNA-dependent RNA polymerase |
Гены не пересекаются. Длина всех генов делится на 3. Внизу на рисунке 1 приведено графическое изображение сегмента L, на рисунке 2 – приближенная область, содержащая конец обоих генов из сегмента L.
Рис. 1. Расположение генов в сегменте L вируса Tamiami (идентификатор записи RefSeq NC_010702.1). Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI
Рис. 2. Окончания генов и межгенный участок в сегменте L вируса Tamiami. Стоп-кодон первого гена – TGA, стоп-кодон второго – TAG (на комплементарной цепи). Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI
[1] Calisher et al., Tamiami virus, a new member of the TaCaribe group. Am J Trop Med Hyg. 1970 May; 19(3):520-6.
[2] Jennings et al., Tamiami virus in the Tampa Bay area. Am J Trop Med Hyg. 1970 May; 19(3):527-36.