Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
С помощью программы einverted, ищущей инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях, были предсказаны комплементарные взаимодействия в тРНК из предыдущего задания. Если запустить программу со стандартными параметрами, она ничего не найдет, но изменив параметры (Gap penalty 10, Minimum score threshold 20, Match score 6, Mismatch score -4), я получила такой результат:
SEQUENCE: Score 60: 18/30 ( 60%) matches, 0 gaps
1 gggcaggttcccgagcggccaaaggggacg 30
|||| || | | | | || || | |||
77 cccgacctaagcttggtcgcttccgtatgc 48
Структура РНК была рассчитана с помощью пограммы Mfold при параметре P=20. Программа дала много вариантов, среди которых далеко не все похожи на тРНК. Я решила, что наиболее близма к тРНК эта структура:
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 1-7:66-72 | 1-4:74-77 | 1-7:76-82 |
| D-стебель | 10-12:23-25 | - | 8-12:24-28 |
| T-стебель | 49-53:61-65 | - | - (сдвинут дальше по последовательности) |
| Антикодоновый стебель | 26-33:36-44 | - | - (сдвинут дальше по последовательности) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 29 | 18 | 25 |
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Было подсчитано количество контактов между ДНК и белком - полярных (между атомами азота, кислорода) и неполярных (между атомами углерода, фосфора, серы). Подсчет проводился с помощью скрипта Jmol: DNA-1PP7.spt
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 16 | 19 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 0 | 9 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2 | 2 | 4 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 1 | 3 |
Видно, что больше всего контактов у белка с сахарофосфатным остовом.
Программой remediate pdb-файл был переведен в старый формат, с которым работает команда nucplot. Nucplot выдает информацию о контактах между ДНК и белком.
Рисунок, выданный программой nucplot. На рисунке показано, с какими аминокислотами реагирует каждый нуклеотид ДНК.
Больше всего непосредственных контактов с ДНК имеет аспарагин 81 (2); аспарагин 84 и серин 26 также имеют по 2 контакта через водяные мостики. Самым важным для распознавания последовательности представляется аспарагин 81, т.к. он связывается с двумя азотистыми основаниями.
Контакт аспарагина 81 с ДНК. Белыми линиями показаны водородные связи