GENSCAN

Была взята последовательность из генома человека. Программой Genscan были предсказаны экзоны.

Genome Browser

Используя программу BLAT на сайте Genome Browser, я произвела поиск последовательности в геноме человека. Лучшую находку (100%) просмотрим в геномном браузере. Из типов альтернативного сплайсинга я нашла несколько кассетных экзонов - обведены синим квадратом, например DB460400 и DB027744, CN481136 и CF552716, HY355103 и AA565823. Но в целом данный фрагмент в плане экзонов консервативен.

BLASTX

Blastx переводит нуклеотидную последовательность в аминокислотную и ищет по белковой базе данных. В данном задании был взят фрагмент генома киви [x] и по нему проводился бласт среди белков растений. Найденные выравнивания позволяют предположить гены на последовательности и предсказать границы экзонов в них.

Результаты поиска экзонов программой blastx в данной последовательности генома киви. Результат выдал 3 гена.

Названия генов и предположительные границы экзонов можно посмотреть в таблице 2. Первый и второй гены кажутся весьма точными, а вот выравнивание с третьим геном менее надежно, т.к. идет всего по одному большому участку и совпадение невелико.