Я работаю с белком CPA бактерии Chlamydia trachomatis. В базе данных STRING, показывающих предположительные взаимодействия белков, этот белок нашелся. На рис.1 показаны белки первого уровня близости к CPA.

Рис.1. Белки первого уровня близости к CPA. Зелеными линиями показаны белки, взаимодействие которых показано колокализацией в геноме, желтыми - белки, взаимодействие которых показано "textmining" (автоматический поиск упоминаний белков в статьях)

Белок CPA является протеазой. Белки его первого уровня близости:

Пока что ничего не понятно. У нас есть еще 2 протеазы, гипотетический белок, по которому бластом не находится гомологов с известной функцией (поэтому как получили его взаимодействия с CPA с помощью texmining, мне непонятно), мембранный белок, и дифосфат редуктаза, которая проводит реакцию на рис.2:

Рис.2. Реакция, проводимая ispH

Для 3 генов взаимосвязь показана колоколизацией в геноме, подробно это можно рассмотреть, если нажать на кнопку "Neighborhood" под графом. Это выводит на страницу с геномным окружением. Геномное окружение показано на рисунке 3.

Рис.3. Геномное окружение CPA. Светло-зеленый - CT_857, красный - CPA, темно-зеленый - ispH.

Видно, что гены расположены рядом, но только в 3 близкородственных бактериях. В остальных бактериях, видимо, они не располагаются рядом. В связи с этим, невозможно утверждать о связи этих белков, скорее всего, они находятся рядом, потому что бактерии слишком близки, и гены в них идут в одном и то же порядке. На уровне встречаемости на ступень выше опять же только CT_857 и ispH находятся по соседству с cpa, все остальные белки найдены с помощью textmining.

Еще можно посмотреть, как встречаются гомологи белков из ближайшего окружения в разных организмах. В этом поможен кнопка "Occurence". На рисунке 4 представлен результат. Четко все 5 представлены в таксонах Chlamydia и Chlamydophyla. Во многих таксонах нет одного или нескольких белков, а там где есть все 5, у cpa очень слабая гомология.

Рис.4. Встречаемость CPA и белков первого уровня близости в разных таксонах

Вообще про cpa и его взаимодействия с другими белками можно сказать очень мало, т.к. он даже не появляется в метаболических путях KEGG. Его функция неясна, за исключением того, что он протеаза, и метаболический путь, в котором он участвует, неизвестен. То, что представленные белки действительно с ним взаимодействуют, мне кажется сомнительным.