На основании дерева, находимого по вышележащей ссылке, было составлено филогенетическое дерево этих семи организмов с помощью программы MEGA. Дерево было записано как ((CLOTE,CLOB1), ((LACAC,STRPN), ((BACSU,LISMO), STAA1)));

Изображение, полученное при открытие файла с деревом в программе MEGA:

В дереве можно выделить нетривиальные разбиения (на две группы, в каждой из которых более одного организма) - эти группы отражают топологию дерева. В моем случае это:

{CLOTE, CLOB1} и {LACAC, STRPN, BACSU, LISMO, STAA1}

{CLOTE, CLOB1, LACAC, STRPN} и {BACSU, LISMO, STAA1}

{LACAC, STRPN} и {CLOTE, CLOB1, BACSU, LISMO, STAA1}

{CLOTE, CLOB1, LACAC, STRPN, STAA1} и {BACSU, LISMO}

С помощью сервера taxonomy NCBI были найдены таксоны наименьших уровней, объединяющий бактерий дерева. Такие были найдены для всех нетривиальных ветвей, кроме объединяющей Bacillus subtilis и Listeria monocytogenes. По NCBI они находятся на том же уровне, что и Staphylococcus aureus - в порядке Bacillales.