© Kholina Tatiana, 2013 You can contact me at tatiana96-khol@yandex.ru

Параметры кристалла

Из PDB-файла белка лептина (1AX8) я получила параметры кристаллографической ячейки (поле CRYST1):

На рис.1 показана Биологическая единица из записи 1AX8 в PDB. Она состоит из трех молекул белка. На рис.2. реконструирован кристалл лептина командой symexp sym, 1ax8, chain a, 80

Рис.1. Биологическая единица лептина

Рис.2. Структура кристалла лептина, показанная с разных сторон.

Кристаллические контакты

Как видно на рис.3., в месте контакта белка с белком из соседней ячейки мало водородных связей, большинство из них сконцентрированы на малом участке и проходят через воду. Вряд ли это позволит лептину олигомеризоваться в природе.

Рис.3. Контакт между ячейками кристалла лептина.

Странное расположение белковых цепей

В PDB-структуре 3HDD одна из белковых цепей расположена на краю ДНК:

Рис.4. Комплекс белков-гомеодоменов с ДНК

Однако если восстановить соседнюю ячейку комплекса, видно, что второй белок связывает ДНК так же, как и первый:

Рис.5. Комплекс белков-гомеодоменов с ДНК (две ячейки)

PDB файлы, асимметрические единицы которых не совпадают с биологической единицей

Асимметрическая единица - это часть кристалла, из которой поворотами и переносом можно восстановить весь кристалл. Биологическая единица - структура белка, способная осуществлять его биологическую функцию. Белки для данного раздела были найдены с помощью Advanced Search PDB, где я указала разные количества асимметрических и биологических ячеек. Первый пример - белок 5UM7, оксидоредуктаза из стрептококка. Его асимметрическая единица (рис. 6) состоит из двух симметричных биологических единиц (рис.7).

Рис.6. Асимметрическая единица белка 5UM7

Рис.7. Биологические единицы белка 5UM7

Второй пример - белок TarS из стафиллококка (PDB идентификатор 5U02). Его биологическая единица (рис. 9) состоит из трех асимметричных единиц (рис.8).

Рис.8. Асимметрическая единица белка 5U02

Рис.9. Биологическая единица белка 5U02 (сверху и сбоку)