Я взяла белок Сукцинил-КоА-синтетазу (PDB id 1euc) и рассмотрела его домены в различных классификациях: ECOD, CATH, Pfam, SCOP/SCOPe. Результаты представлены в таблице 1.
| CATH | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| Домен | NAD(P)-binding Rossman-like domain | Succinil-CoA synthetase domains | ATP-grasp fold, B domain | ATP-grasp fold, A domain | Succinyl-CoA synthetase domains |
| Укладка | 3х-слойный aba-сэндвич с укладкой Россмана |
3х-слойный aba-сэндвич с укладкой Россмана |
2х-слойный ab-сэндвич | 2х-слойный ab-сэндвич | 3х-слойный aba-сэндвич с укладкой Россмана |
| Границы | Chain A, 9-131 | Chain A, 132-301 | Chain B, 1-20, 112-246 | Chain B, 21-111 | Chain B, 247-392 |
| Pfam | |||||
| Домен | CoA-binding domain | CoA-ligase | ATP-grasp-domain | - | CoA-ligase |
| Укладка | Укладка Россмана | - | - | - | - |
| Границы | Chain A, 53-146 | Chain A, 199-324 | Chain B, 40-246 | - | Chain B, 308-427 |
| ECOD | |||||
| Домен | NADP-binding Rossmann-fold domains | Succinyl-CoA synthetase domains | ATP-grasp | - | Succinyl-CoA-synthetase |
| Укладка | 3х-слойный a/b-сэндвич с укладкой Россмана |
3х-слойный a/b-сэндвич, Флаводоксин-подобная укладка |
Сложная a+b укладка, связывание ATP |
- | 3х-слойный a/b-сэндвич, Флаводоксин-подобная укладка |
| Границы | Chain A, 9-130 | Chain A, 131-306 | Chain B, 0-245 | - | Chain B, 246-393 |
| SCOPe | |||||
| Домен | Succinyl-CoA synthetase, alpha-chain, N-terminal (CoA-binding) domain |
Succinyl-CoA synthetase, alpha-chain, C-terminal domain |
Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain |
- | Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, C-terminal domain |
| Укладка | 3 слоя, a/b/a; параллельный бета-слой из 6 нитей с укладкой Россмана |
3 слоя, a/b/a; параллельный бета-слой из 5 нитей с Флаводоксин-подобной укладкой |
ATP-связывающий домен, состоит из двух субдоменов с разными a+b укладками |
- | 3 слоя, a/b/a; параллельный бета-слой из 5 нитей с Флаводоксин-подобной укладкой |
| Границы | Chain A, 1-130 | Chain A, 131-306 | Chain B, 1-245 | - | Chain B, 246-393 |