Минтаев Рамиль | Мотивы, паттерны и профили

Таблица 2. Мотивы, описанные в PROSITE, для белка clpB_EColi

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?

PS00870 CLPAB_1 Chaperonins clpA/B signature 1 паттерн [DA]-[AI]-[SGA]-[NQS]-[LIVMF](2)-K-[PT]-x-[LM]-x(2)-G специфична 1

PS00871 CLPAB_2 Chaperonins clpA/B signature 2 паттерн [RGT]-[LIVMFY]-[DN]-x-[ST]-E-[LIVMFY]-x-[ED]-[KRQEAS]-x-[STA]-x-[STAD]-[KRS]-[LIVM]-x-G-[STAP] специфична 1

PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site паттерн [ST]-x-[RK] неспецифична 9

PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} специфична 13

PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site паттерн [ST]-x(2)-[DE] специфична 12

PS00016 RGD Cell attachment sequence паттерн R-G-D неспецифична 1

PS00001 ASN_GLYCOSYLATION N-glycosylation site паттерн N-{P}-[ST]-{P} специфична 1

PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site паттерн [RK](2)-x-[ST] специфична 1

PS00017 ATP_GTP_A ATP/GTP-binding site motif A (P-loop) паттерн [AG]-x(4)-G-K-[ST] неспецифична 3

PS00009 AMIDATION Amidation site паттерн x-G-[RK]-[RK] неспецифична 1

PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Tyrosine kinase phosphorylation site паттерн [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y
or
[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y неспецифична 4

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00870	CLPAB_1	Chaperonins clpA/B signature 1	паттерн	`[DA]-[AI]-[SGA]-[NQS]-[LIVMF](2)-K-[PT]-x-[LM]-x(2)-G`	специфична	1
PS00871	CLPAB_2	Chaperonins clpA/B signature 2	паттерн	[RGT]-[LIVMFY]-[DN]-x-[ST]-E-[LIVMFY]-x-[ED]-[KRQEAS]-x-[STA]-x-[STAD]-[KRS]-[LIVM]-x-G-[STAP]	специфична	1
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Protein kinase C phosphorylation site	паттерн	[ST]-x-[RK]	неспецифична	9
PS00008	MYRISTYL	N-myristoylation site	паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	специфична	13
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Casein kinase II phosphorylation site	паттерн	[ST]-x(2)-[DE]	специфична	12
PS00016	RGD	Cell attachment sequence	паттерн	R-G-D	неспецифична	1
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	N-glycosylation site	паттерн	N-{P}-[ST]-{P}	специфична	1
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site	паттерн	[RK](2)-x-[ST]	специфична	1
PS00017	ATP_GTP_A	ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)	паттерн	[AG]-x(4)-G-K-[ST]	неспецифична	3
PS00009	AMIDATION	Amidation site	паттерн	x-G-[RK]-[RK]	неспецифична	1
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Tyrosine kinase phosphorylation site	паттерн	[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y or [RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y	неспецифична	4