Гидрофобные ядра в белке (скрипт Cores).В белке было обнаружено три достаточно больших гидрофобных ядер, насчитывающих 343, 126, 34 атомов. Остальные ядра слишком малы, чтобы их учитывать. После выполнения скрипта видно, что на поверхности белка присутствуют гидрофобные участки. Предположительно они нужны для соприкосновения с другими молекулами, такими как ДНК(из функций белка) и другими белками.Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре белка. (скрипт Surrounding)1. Атомы, почти полностью закрывающие фенилаланин находятся на расстоянии не более 6 ангстрем от остатка.2. Характерное расстояние между атомами в белке - 4-5 ангстрем. На этих шагах появилось количество атомов, сильно превосходящее количество атомов предыдущих шагов. 3. Да, может. Ван-дер-Ваальсов радиус кислорода равен 0.11 атомных единиц (5,291772108(18)·10-11), что гораздо меньше даже 1 ангстрема. Однако, то может оказаться проблематичным, потому что радиус молекулы воды исчисляется как 1.38 в толщину и 1.9 в длину, что вплотную приближается к характерному расстоянию между атомами. Взаимодействие белка и ДНК (скрипт ProtDna)Белки, взаимодействующие с ДНК: гистоны, составляющие нуклеосомы вместе с ДНК, белки-супрессоры группы Polycomb, белки, метилирующие ДНК (метилаза), режущие её, реплицирующие (ДНК-полимераза), РНК-полимераза, обеспечивающая транскрипцию, транскрипционные факторы, регулирующие работу РНК-полимеразы. В нашем случае, белок - NUDIX-гидролаза, гидролизует фосфатные связи: режет ДНК. |
После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:
1. Запустить скрипт: 2. Продолжить исполнение скрипта:
Text of the script for 1st task |
© Поляков Игорь aka RanHummer