Макромолекула является белком. Метионинаминопептидаза 2 – это фермент, который у человека кодируется геном METAP2, член семейства диметаллогидролаз. В структуре присутствует одна полимерная цепь. Биологическая единица не отличается от асимметрической. Конкретно данная для анализа структура 5JFR из PDB представляет
собой фрагмент этой цепи в комплексе с ингибитором этого белка. Ниже показан общий вид хода остова этого фрагмента (Рис. 1).
Рис. 1. Общий вид хода остова фрагмента белковой цепи.
Описание цепи и фрагмента
Характеристика цепи
Значение
Классификация
Гидролаза/ингибитор гидролазы
Организм
Homo sapiens
uniprot_id
P50579
Название
MAP2_HUMAN
Мутации
Нет
Система экспрессии
Spodoptera frugiperda
Метионинаминопептидаза-2 (MetAP2) представляет собой фермент, который расщепляет N-концевой остаток метионина из ряда вновь синтезированных белков. Это необходимo для того, чтобы они сложились или функционировали правильно. Доклинические и клинические исследования ингибитора MetAP2 показывают, что он может быть использован в качестве нового метода лечения ожирения.
Каталитическая активность человеческого METAP2 по отношению к пептидам Met-Val постоянно на два порядка выше, чем у METAP1, что позволяет предположить, что он отвечает за переработку белков, содержащих N-концевые последовательности Met-Val и Met-Thr.
В составе домена четко видны α-спирали и β-листы (Рис. 2).
Рис. 2. Вторичные структуры в составе фрагмента.
Малые молекулы
В записи присутствуют несколько типов малых молекул: это вода (краткое наименование HOH) и лиганды: 6KP (полное
– 7-fluoro-4-(5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-6-yl)-2,4-dihydropyrazolo[4,3-b]indole), EDO (полное название – 1,2-ETHANEDIOL), DMS (полное название – DIMETHYL SULFOXIDE),MN (Ион марганца (II)) . Справа представлено белковое окружение лиганда 6KP. (Рис. 3).
Ссылки на PDB-файлы с координатами для малых молекул:
Исследуемый белок является метионинаминопептидазой.То есть, высвобождает N-концевые аминокислоты, преимущественно метионин, из пептидов и ариламидов. Этот мембраносвязанный фермент, присутствующий как в прокариотах, так и в Эукариоты, высвобождает инициатор метионин из зарождающихся пептидов.
Деятельность зависит от идентичности второго, третьего и четвертые аминокислотные остатки целевого белка, но в целом фермент действует только тогда, когда предпоследний остаток мал и не заряжен (например, Gly, Ala, Cys, Ser, Thr и Val).
Относится к семейству пептидаз M24A.
Из подробной аннотации последовательности рассматриваемого фермента видно, что в его активный центр входят следущие аминокислоты: ALA-230, GLY-222, ASP-142, HIS-255, ASP-122, GLU-153
Рис. 9. Активный центр фермента.Рис. 11. Общий вид
Водородных связей между боковыми радикалами, стекинговых взаимодействий, солевых мостиков и дисульфидных связей в структуре сайта связывания обнаружено не было.
Рис. 12. Ближайшее окружение активного центра.Рис. 13. Ингибитор и расстояние между ингибитором и активным центром.
Ингибитором является лиганд 6KP. Между ингибитором и активным центром не было найдено полярных взаимодействий. Можно предположить, что лиганд является ингибитором, делая недоступным активный центр для другого субстрата. Так как расстояние между ингибитором и активным центром большое и ингибитор связывается не с активным центром, а с другими остатками, может иметь место неконкурентное ингибирование.
