Практикум 8

Выбор и скачивание протеомов

Бактерия 1: Pantoea alhagi (была выбрана близкая, так как протеом Pantoea eucrina слабо изучен) - UP000192900. Содержит 3878 белка. Оценка CPD: Outlier (low value); BUSCO: C:100% (S:99.5% D:0.5%) F:0% M:0%

Бактерия 2: Erwinia amylovora NBRC 12687 = CFBP 1232 - UP000013111. Содержит 3760 белка. Оценка CPD: Standard; BUSCO: C:99.3% (S:98.9% D:0.5%) F:0.2% M:0.5%

URL и команда для скачивания:

  1. wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000192900' -O ~/term2/pr8/UP000192900.swiss.gz
  2. wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000013111' -O ~/term2/pr8/UP000013111 .swiss.gz

Протеомы были выбраны по признакам:

  • бактерии состоят семействе Enterobacterales
  • схожая полнота протеома
  • различия бактерий состоит в том, что Pantoea alhagi в основном представляют собой экологические штаммы и возбудители болезней растений, редко ответственные за заражение человека. , а Erwinia amylovora NBRC 12687 = CFBP 1232 разрушительно воздействует на грушевые и яблоневые деревья, а также на ряд декоративных растений, включая Crataegus, Cotoneaster и Pyracantha.

Сравнение протеомов по представленности определенных групп белков

Трансмембранные белки

С помощью запроса (proteome:UP000013111) AND (keyword:Transmembrane) в UniProt Proteomes было найдено количество трансмембранных белков в протеоме Erwinia amylovora NBRC 12687 = CFBP 1232. Их оказалось 749, то есть 19,9%. В протеоме Pantoea alhagi таких белков 861 - примерно 22,2% ((proteome:UP000192900) AND (keyword:Transmembrane)). Разница между протеомами небольшая, и может объясняться особенностями жизнедеятельности бактерий

Ферменты

1. Ферменты Erwinia amylovora NBRC 12687 = CFBP 1232 искались по запросам:

  • Oxidoreductases: (proteome:UP000013111) AND (keyword:KW-0560) 248 results 6,6%
  • Transferases: (proteome:UP000013111) AND (keyword:KW-0808) 482 results 12,8%
  • Hydrolases: (proteome:UP000013111) AND (keyword:KW-0378) 457 results 12,2%
  • Lyases: (proteome:UP000013111) AND (keyword:KW-0456) 127 results 3,38%
  • Isomerases: (proteome:UP000013111) AND (keyword:KW-0413) 88 results 2,3%
  • Ligases:(proteome:UP000013111) AND (keyword:KW-0436) 85 results 3,26%
  • Translocases:(proteome:UP000013111) AND (keyword:KW-1278) 32 results 0,85%

Всего ферментов: 26,8% (1007)

  • zcat UP000013111.swiss.gz|grep 'CATALYTIC ACTIVITY'|wc -l

Фактор вирулентности: 15 результатов

  • zcat UP000013111.swiss.gz|grep 'Virulence'|wc -l

2. Ферменты Pantoea alhagi искались по запросам:

  • Oxidoreductases: (proteome:UP000192900) AND (keyword:KW-0560) 227 results 5,9%
  • Transferases: (proteome:UP000192900) AND (keyword:KW-0808) 508 results 13%
  • Hydrolases: (proteome:UP000192900) AND (keyword:KW-0378) 357 results 9,2%
  • Lyases: (proteome:UP000192900) AND (keyword:KW-0456) 120 results 3%
  • Isomerases: (proteome:UP000192900) AND (keyword:KW-0413) 88 results 2,3%
  • Ligases:(proteome:UP000192900) AND (keyword:KW-0436) 70 results 1,8%
  • Translocases:(proteome:UP000192900) AND (keyword:KW-1278) 34 results 0,9%

Всего ферментов: 28,5% (1104)

  • zcat UP000192900.swiss.gz|grep 'CATALYTIC ACTIVITY'|wc -l

Фактор вирулентности: 8 результатов

  • zcat UP000192900.swiss.gz|grep 'Virulence'|wc -l

Упоминание ABC-транспортёров

С помощью команды zcat имя файла|grep 'ABC TRANSPORTER'|wc -l было выяснено, количество упоминаний ABC-транспортёров. В протеоме Pantoea alhagi таких 95, в протеоме Erwinia amylovora NBRC 12687 = CFBP 1232 - 88. Это может быть связано с транспортировкой различных субстратов через клеточные мембраны.