Практикум 9
Практикум 9
Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Deoxyribonucleoside regulator | DEOR_ECOLI | DEOR_BACSU | 30.0 | 12.6% | 24.1% | 51.7% | 15 |
| Ribulokinase | ARAB_ECOLI | ARAB_BACSU | 769.0 | 30.6% | 48.7% | 9.5% | 14 |
| Septum site-determining protein MinD | MIND_ECOLI | MIND_BACSU | 598.5 | 43.1% | 66.3% | 5.1% | 6 |
В первой паре приведено полное название белка из бациллы (BACSU). Название для кишечной палочки (ECOLI): Deoxyribose operon repressor.
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Deoxyribonucleoside regulator | DEOR_ECOLI | DEOR_BACSU | 37.0 | 19.0% | 34.9% | 35.3% | 14 | 79.4% | 57.5% |
| Ribulokinase | ARAB_ECOLI | ARAB_BACSU | 776.0 | 31.9% | 50.2% | 7.8% | 12 | 97.2% | 95.4% |
| Septum site-determining protein MinD | MIND_ECOLI | MIND_BACSU | 601.5 | 43.6% | 67.0% | 4.4% | 5 | 99.6% | 98.9% |
Программы выравнивания неродственных белков
| Выравнивание | Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | S-ribosylhomocysteine lyase | 7-carboxy-7-deazaguanine synthase | LUXS_ECOLI | QUEE_BACSU | 29.5 | 12.6% | 21.9% | 51.1% | 11 | - | - |
| water | S-ribosylhomocysteine lyase | 7-carboxy-7-deazaguanine synthase | LUXS_ECOLI | QUEE_BACSU | 33.5 | 20.0% | 33.6% | 21.6% | 6 | 66.1% | 44.5% |
Результаты глобального парного выравнивания показывают, что белки не гомологичны, так имеют низкие показатели идентичночти и схожести, при том,что в выравнивании большое количество гэпов (51.1%).
Показатели, полученные в результате локального выравнивания выше, чем результаты глобального. Однако результаты не позволяют сделать вывод о том, что белки могут являться гомологичными. Схожесть выравнивания всего 20%, вес также слишком мал (33.5).
Множественное выравнивание
Для этого задания были найдены все белки, которые имеют мнемонику "MIND". Полное имя "Septum site-determining protein MinD". По запросу (id:mind*) в UniProtKB был найден 21 белок,с помощью кода infoseq 'sw:mind_*' -only -name -nohead -out prot.txt в kodomo было найдено всего 75 белков. Из этих белков случайным образом были выбраны 5:
MIND_TUPAK (Tupiella akineta (Green alga) (Pseudendoclonium akinetum)), MIND_EMIHU (Emiliania huxleyi (Coccolithophore) (Pontosphaera huxleyi)), MIND_NEPOL (Nephroselmis olivacea (Green alga)), MIND_GUITH (Guillardia theta (Cryptophyte) (Cryptomonas phi)), MIND_SHIFL (Shigella flexneri).
Результаты выравнивания были визуализированы с помощью Jalview.
Для выравнивания был выбран метод Muscle with Defaults. С помощью Percentage identity, выравнивание было окрашено по идентичности.
Исходя из данных выравнивания, можно предположить, что все белки являются гомологами. Наиболее консервативные области выравнивания: 47-57, 79-87, 162-165. На участках 90-97, 232-235 наблюдается низкая консервативность.