Параметры megablast и blastn были оставлены по умолчанию и получены следующие результаты:
Рис. 1. Выдача megablast.Рис. 2. Выдача blastn.
Различие полученных результатов заключается в большом количестве точек на карте из blastn. Так же на blastn видно больше повторов, чем на карте из megablast.
Рис. 3. Сравнение геномов двух выбранных бактерий по карте локальных особенностей, выданной blastn.
Рассмотрим подробнее каждую перестройку:
Участки 1,2,3 - крупная перестройка, участок ДНК вырезался и встроился в другую часть генома с инверсией (транслокация)
Участки 4,5 - инсерции/делеции
Участок 6 - инверсия
Участки 7,9 - транслокация
Участок 8 - транслокация + инверсия
Участки 10,11 - как и в 1,2 и 3 случаях (крупная перестройка, участок ДНК вырезался и встроился в другую часть генома с инверсией (транслокация))
