Для сравнения сгенерированных и экспериментальных данных была выбрана A-форма ДНК. Для определения направления атомов азотистого основания был выбран цитозин 8.
Большая бороздка: N1, C2, O2, N3
Малая бороздка: C6, C5, C4, N4
Рис. 4. Красным цветом обозначены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
A-форма
B-форма
Z-форма
Тип спирали
правая
правая
левая
Шаг спирали
28.1
33.8
42.8
Число оснований на виток
11
10
12
Ширина большой бороздки
17.0(A:A10-B:A34)
17.9 (A:A6-B:T31)
22.9 (C2:A - G15:B)
Ширина малой бороздки
8.0 (A:T7-B:C20)
11.7 (C12:A - G33:B)
9.9 (A:G15-B:C30)
Таблица 1. Характеристики разных форм ДНК на основе fiber моделей.
Задание №3
Определение структуры тРНК
В качестве необходимой для задания была выбрана тРНК 2CV2 . Результаты были получены с помощью программ пакета 3DNA, программ - find_pair и analyze.
Рис. 5. Нуклеотиды, образующие стебли во вторичной структуре тРНК.
Координаты стеблей:
Первый стебель образован нуклеотидами: 501-507 и 572-566.
Второй стебель образован нуклеотидами: 549-553 и 565-561.
Третий стебель образован нуклеотидами: 538-544 и 532-526.
Четвертый стебель образован нуклеотидами: 510-513 и 525-522.
Канонические пары оснований:
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру (комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям): 554U-558A; 508U-546A; 515G-548C; 519G-556C.
