Для практикума была выбрана морская звезда - Красный астериас (Asterias rubens).
Морские звезды - это удивительные существа, принадлежащие к типу Иглокожие (лат. Eсhinodermata). Геном (состоит из 22 хромосом, гаплоидный). Первые морские звёзды на Земле появились 200-250 миллионов лет назад. В Дании действует единственная в мире фабрика по переработке морских звёзд в белковую кормовую муку для птиц и скота. Морские звёзды обладают сильной способностью к регенерации. Они могут не только отращивать утраченные лучи, но и восстанавливать целое тело из одного фрагмента, если он включает часть центрального диска. Морская звезда (Asterias rubens) – один из самых распространенных видов, обитающий в северной Атлантике.
По поисковому запросу "Asterias rubens" было найдено 2 сбороки, была выбрана референсная (eAstRub1.3) c аннотацией в RefSeq. Уровень сборки chromosome, что означает, что последовательность ДНК организма была собрана и упорядочена таким образом, что её можно представить на уровне отдельных хромосом (одной или нескольких).
Assembly | GenBank | RefSeq | Genome size | Number of scaffolds | Number of contigs | Scaffold N50 | Scaffold L50 | Contig N50 | Contig L50 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
eAstRub1.3 | GCA_902459465.3 |
GCF_902459465.1 |
417.6 Mb |
150 |
621 |
20.6 Mb |
9 |
1.4 Mb |
94 |
Число хромосом в сборке (22 штук, гаплоидный набор) соответствует литературным данным о Asterias rubens. Однако, есть сомнения, что данная сборка точно отражает биологическую информацию о геноме. Разнятся данные Scaffold N50, Scaffold L50. По новым данным из статьи они составляют 10.85 Mb и 87 соответственно. Так же, в статье предсказано больше генов, кодирующих белки (16 673 гена), чем в сборке (16,079).
Все же, по анализу BUSCO (рис. 2) видно, что качество сборки высокое.