Ген морской звезды, кодирующий δ-субъединицу АТФ-синтазы
Был произведен поиск в файле последовательностей белков последовательности δ-субъединицы АТФ-синтазы по запросу: ATP synthase subunit delta. Идентификатор данного белка: XP_033636179.1 ATP synthase subunit delta, mitochondrial-like [Asterias rubens].
Далее был произведен поиск в нуклеотидной последовательности генома (искали идентификатор записи нуклеотидной последовательности дельта-субъединицы АТФ-синтазы). Идентификатор нуклеотидной записи: NC_047073. Ген, в котором содержится последовательность дельта-субъединицы ATP5F1D.
Так как морские звезды (Asterias rubens) относится к вторичноротым, рассмотрим находки по фрагментам ДНК первичноротых, а именно Пауки (Araneae).
База данных для поиска: refseq_genomes.
Число сборок в ней, входящих в выбранный таксон: 29 (число геномов, по которым проводился поиск).
1) По поиску в tblastx найдено 4 находки, в среднем 55% идентичности, учитывая, что Пауки от Морских звезд далеки, то подобный рзультат указывает на недостаточно хорошую консервативность последовательности гена, кодирующего дельта субъединицу АТФ-синтазы. В целом такое небольшое количество находок и ожидалось со стандартными параметрами BLAST.
2) Поиск по алгоритму megablast с длиной слова 28 выдало 2 находки, 73.20% и 91.89% идентичности. Такой результат предполагает, что найденные последовательности имеют относительно высокий уровень идентичности с искомой, но при этом могут быть различия в отдельных сегментах. При идентичности 91.89% длина выравнивания 37 (в нуклеотидах), а его e-value незначителен (0.03). В целом в окрестностях этого числа находок и был ожидаемый результат.
16S рРНК - формирует структуру рибосомы, учавствует в распознавании последовательности Шайна-Дальгарно и свойственна прокариотам, расположена в малой субьединице рибосомы.
23S рРНК - расположена в большой субьединице бактериальной или архейной рибосомы, учавствует в инициации и элонгации трансляции, имеет каталитическую активность и помогает поддерживать структуру рибосомы, используются в филогенетике в виду высококонсервативности.
Был использован blastn, так как нужно было сравнить нуклеотидные последовательности неблизкородственных организмов. В качестве парметров: evalue 0.05 (чтобы отсеять плохие находки), а также outfmt 7 (чтобы получить результаты в виде таблицы с комментариями).
Как можно увидеть для 16S рРНК было найдено 3 хитa (3 гомолога).
Для 23S рРНК было найдено 5 хитов. Участок запроса 428-527 выравнивается на координаты 10526094-10525995, участок запроса 221-290 выравнивается на координаты 10526368-10526300, участок 1879-1941 на соседние 10523599-10523537, участки 2234-2267 и 2442-2613 на 10518687-10518654 и 10518478-10518307 соответственно. Так как координаты довольно близки, можно сделать вывод, что гомолог 1. Координаты на запросе возрастают, а цепи убывают, это означает, что гомолог находится на комплементарной цепи по отношению к той, которая лежит в базе данных.
Видимо, их несколько, так как у эукариот есть ещё и митохондриальные рибосомы 70S, помимо основных рибосом типа 80S. Вероятно, в силу гомологии, 16S rRNA выравнивается на 18S rRNA, а 23S rRNA на 28S rRNA.
