На Рис. 1 представлено филогенетическое дерево, построенное на основе данных NCBI Taxonomy. Рис. 2 – дерево, построенное программой Fastme с моделью p-distance. Рис. 3 – дерево, построенной программой Fastme с моделью MtREV. Рис. 4 – дерево, построенной программой IQtree с параметрами по умолчанию.
Рис. 1. Филогенетическое дерево, основанное на NCBI Taxonomy.Рис. 2. Филогенетическое дерево, построенное программой Fastme с моделью p-distance.Рис. 3. Филогенетическое дерево, построенное программой Fastme с моделью MtREV.Рис. 4. Филогенетическое дерево, построенное программой IQtree с параметрами по-умолчанию.
Сравнение деревьев.
Филогенетические деревья, полученные программой fastme по моделям p-distance (Рис.2) и MtREV (Рис.4) идентичны, однако они сильно различаются с референсным деревом (рис. 1), построенным на основе NCBI Taxonomy.
Вид PARGO должен составлять одну ветвь с видами OSTNU, SAMRI и APILI, вместо этого в реконструированном дереве он объединён с видами APILI,CAEELD,CEPNE,LUMTE,LEPTH,PARGO. При этом виды OSTNU и SAMRI, как и в дереве на рисунке 1, соятавляют одну кладу, и также обозуют кладу с видом AEDAE, что соответствует референсному дереву. Вид ARTSF, входящий в одну ветвь с AEDAE, OSTNU и SAMRI в реконструированном дереве, расположен верно, однако вид CAEEL, который находится в одной ветви в дереве, основанном на NCBI Taxonomy, образует кладу с видом LEPTH, и находится в другой ветви в деревьях, построенных программой Fastme с моделью MtREV и моделью p-distance. Вид APILI также ошибочно отнесен к другой ветви. Виды LEPTH, LUMTE, CEPNE относятся к одной кладе на референсном дереве, однако в реконструированном дереве они расположены в разных кладах.
Филогенетическое дерево, полученное программой IQtree с параметрами по-умолчанию похоже на описанные выше реконструированные деревья, но все еще сильно различается с деревом, основанным на NCBI Taxonomy.
Виды AEDAE и ARTSF, как и в дереве, на рисунке 1 односятся в одной ветви, однако вид PARGO, образующий кладу с видом ARTSF в реконструированном дереве, находится в другой ветви в референсном дереве. Виды APILI, SAMRI и OSTNU также относятся к неверной ветви, однако виды SAMRI и OSTNU верно образуют кладу (как и в референсном дереве, и деревьях на русунках 2 и 3). Виды LEPTH, LUMTE, CEPNE относятся к одной кладе на референсном дереве, однако в реконструированном дереве они расположены в разных кладах (как и в деревьях, построенных программой Fastme с моделью p-distance и моделью MtREV).
