Был получен следующий список находок: Ссылка на файл.
Рис. 1. Находки blastp.
Реконструкция и визуализация
Было изменено название находок на их мнемоники, затем выравнивание методом muscle. Дерево было построено программой fastme, в качестве модели была взята MtREV, также была использована бутстреп-поддержка (100 реплик). Визуализация дерева программой iTOL - дерево укоренено в среднюю точку.
Рис. 2. Реконструкция дерева полученных находок с помощью программы FastME и модели MtREV с использованием бутстреп.
На Рис. 3. показаны различные ортологические группы, таких выделилось 3 штуки (CLPX и HSLU, третья группа). Ссылка формулу дерева в формате Newick.
Примеры ортологов: HSLU_PROMH и HSLU_ECOLI, CLPX_ROSDO и CLPX_RHIME, B4F2B3_PROMH и FTSH_ECOLI.
Примеры паралогов: CLPX_ECOLI и HSLU_ECOLI, CLPX_PROMH и HSLU_PROMH, CLPX_YERPE и HSLU_YERPE.
Рис. 3. Реконструированное дерево полученных находок, где разными цветами указаны различные ортологические группы.Рис. 4. Реконструированное дерево полученных находок, где разные ортологические группы схлопнуты.
HSLU: Состав: ROSDO, RHIME, ECOLI, YERPE, PROMH.
Cоответствует филогении за исключением организмов PROMH и ECOLI. Они поменялись местами - в соостветсвии с эталонным деревом ECOLI и YERPE должны составлять кладу, отходящую от организма PROMH.
((PROMH)((ECOLI,YERPE))) вместо ((ECOLI)((PROMH,YERPE)))
