| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Adenine phosphoribosyltransferase | APT_ECOLI | APT_BACSU | 441.5 | 50.3 | 61.2 | 13 | 3 |
| Citrate/succinate antiporter | CITT_ECOLI | CITT_BACSU | 11.0 | 7.4 | 10.9 | 421 | 12 |
| Galactarate dehydratase (L-threo-forming) | GARD_ECOLI | GARD_BACSU | 1834.0 | 67.1 | 80.1 | 13 | 3 |
Мы видим большое сходство для двух пар последовательностей. Это говорит о том, что эти белки гомологичны и выполняют одну функцию в этих организмах. Для цитрат/сукцинат антипортера этого не наблюдается,поскольку у B. subtilis он, по-видимому, представлен фрагментом, а не полноценным белком.
Были взяты белки из задания выше, для них было получено локальное выравнивание.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Adenine phosphoribosyl- transferase | APT_ECOLI | APT_BACSU | 450.0 | 56.2 | 66.7 | 0 | 0 | 88.5% | 95.3% |
| Citrate/succinate antiporter | CITT_ECOLI | CITT_BACSU | 27.5 | 27.8 | 38.9 | 10 | 1 | 7.4% | 11.5% |
| Galactarate dehydratase (L-threo-forming) | GARD_ECOLI | GARD_BACSU | 1836.0 | 67.5 | 80.7 | 13 | 3 | 98.9% | 98.8% |
Показатели покрытия подтверждают выводы из первого задания.
Были проведены глобальное и локальное выравнивания белков с разной функцией.
| Тип выравнивания | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Needle | APT_ECOLI | GARD_BACSU | 32.5 | 7.3 | 13.5 | 377 | 12 | - | - |
| Water | APT_ECOLI | GARD_BACSU | 43.0 | 26.9 | 40.3 | 17 | 3 | 36.1% | 10% |
Показатели выравнивания для негомологичных последовательностей, как и ожидалось, гораздо ниже, чем для гомологичных.
Было проведено множественное выравнивание последовательностей аденинфосфорибозилтрансфераз(APT) с помощью программы Muscle. Всего было найдено 634 последовательности с мнемоникой APT, были выбраны белки дрозофилы, крысы, человека, бруцеллы мальтийской, Mycobacteria smegmatis, кишечной палочки и сенной палочки. Анализ выравнивания показал, что все 7 последовательностей достаточно идентичны и поэтому, вероятно, гомологичны. Самые консервативные участки: 72-74, 92-98, 106-111, 133-141. Наименее консервативные: 1-17, 53-62.