Поиск белка Phosphatidylinositol alpha-mannosyltransferase в Blast с параметрами по умолчанию в базе данных Swiss-prot дал 27 предположительных гомологов.
Было скачано 6 лучших находок. В программе Jalview было построено множественное выравнивание по алгоритму Muscle для 7 белковых последовательностей. Визуальный анализ выравнивания показал, что они все гомологи с большой вероятностью, однако для Q59002.1 (гликозилтрансфераза) и P9WMY8.1 (гликогенсинтаза) наблюдается больше отличий среди других последовательностей.
Для выполнения задания был выбран полипротеин риновируса HRV-1A с ID POLG_HRV1A и AC P23008. Для дальнейшего анализа был взят фермент РНК-зависимая РНК-полимераза. Ее координаты 1698-2157. Было построено выравнивание 6 полипротеинов из выдачи Blast и выбранного полипротеина. Далее был вырезан участок, соответствующий полимеразе. Анализ показал сильное сходство, что говорит о высокой консервативности и гомологичности этих ферментов.
Поиск только среди вирусов в базе данных Swiss-prot не ограничил количество находок, но E-value стало меньше. Например, для находки Human enterovirus 70 (strain J670/71) оно было 4e-179, а стало 2e-180, то есть уменьшилось в 20 раз. Следовательно, вирусы составляют 5% банка Swiss-prot, так как из формулы следует, что E-value прямо пропорционально размеру банка.