Визуализация молекул в JMol.

Green fluorescent protein(GFP)
PDB: 7A7N

Текст скрипта

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи(Å) Угол N-H-O(°)
Альфа-спирали
1 N(PHE8)-O(GLU5) 2.98 158.0
2 N(LYS79)-O(ASP76) 3.2 171.7
3 N(LEU60)-O(TRP57) 2.98 167.2
Бета-тяжи
1 N(GLU124)-O(ARG109) 3.01 162.3
2 N(HIS181)-O(PHE165) 2.76 169.9
3 N(LYS206)-O(LEU221) 2.79 164.2

Средняя длина водородной связи в белках составляет 3.04 А[1]. Угол водородной связи находится в диапозоне от 110 до 180 градусов[2]. Результаты измерений в программе JSMol соотносятся с этими данными.

1.Hydrogen bonding stabilizes globular proteins, J.K.Myers, C.N.Pace

2.Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011)