Mycolicibacterium smegmatis(Mycobacterium smegmatis) - это кислотоустойчивая палочка[1], которая входит в один род с возбудителями туберкулеза и проказы[2][3]. Эта бактерия была впервые выделена из смегмы[4], но туда она, по видимому, попадает случайно, так как чаще ее находят в почве[5].
Домен | Bacteria |
---|---|
Филум | Actinobacteria |
Порядок | Corynebacteriales |
Семейство | Mycobacteriaceae |
Род | Mycobacterium |
Вид | Mycobacterium smegmatis |
Фосфотидил-мио-инозитол маннозилтрансфераза(PIMa) катализирует реакцию переноса маннозного остатка с ГДФ-маннозы на фосфотидил-мио-инозитол[7]. В дальнейшем из этого продукта синтезируются липоманнан и липоарабиноманнан, которые являются важными компонентами клеточных стенок микобактерий[8].
Раздел UniProtKB | Swiss-Prot |
Uniprot ID | PIMA_MYCS2 |
UniProt AC | A0QWG6; I7FCT3; |
EMBL AC | CP000480; CP001663 |
PDB ID | 2GEJ; 2GEK; 4N9W; 4NC9 |
Длина | 386 |
Молекулярная масса | 41220 MW |
Рекомендуемое название по UniProt | Phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase, EC 2.4.1.345 |
Последовательность полная, референсная.
Запрос proteome:"up000000757" OR proteome:"up000006158" выдает все белки, которые встречаются в тех же протеомах, что и данный белок.
По запросу name:"phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase" было найдено 227 белковых последовательностей, 6 из которых из Swiss-prot.
Поиск name:"phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase" NOT taxonomy:"mycobacterium" выдал 133 записей, единственная последовательность из Swiss-prot относится к организму из рода Propionibacterium.
Поиск по name:"phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase" AND taxonomy:"mycobacterium" показал 47 записей, из Swiss-prot найдено 5.
Все фосфотидил-мио-инозитол маннозилтрансферазы были найдены (среди последовательностей из Swiss-prot) только в двух родах бактерий: Mycobacterium, Propionibacterium.
Запрос по UniRef выдал 3 кластера. Для UniRef100_A0QWG6, UniRef90_A0QWG6 и UniRef50_A0QWG6 данная последоватльность оказалась репрезентативной, но не являлась сидом.
В кластеры UniRef100_A0QWG6 и UniRef90_A0QWG6 вошли последовательности организмов только из рода Mycobacterium. Список организмов, чьи последовательности представлены в кластере UniRef50, значительно длиннее.
Для сравнения был взят протеом хозяина данного белка Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis), ID: UP000000757. В качество референсного был выбран протеом туберкулезной палочки Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) с ID: UP000001584.
Организм | Mycobacterium tuberculosis | Mycobacterium smegmatis |
Общее количество белков | 3993 | 6602 |
Белков в базе Swiss-prot | 2255 | 580 |
Трансмембранные | 683 | 1069 |
Ферменты | 1238 | 1402 |
Lipidation | 45 | 6 |
Что искалось | Текст запроса туберкулезной палочки | Запрос для M. smegmatis |
Общее количество белков | organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 | organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757 |
Белков в базе Swiss-prot | reviewed:yes AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 | reviewed:yes AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757 |
Трансмембранные | annotation:(type:transmem) AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 | annotation:(type:transmem) AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757 |
Ферменты | ec:* AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 | ec:* AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757 |
Lipidation | annotation:(type:lipid) AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 | annotation:(type:lipid) AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757 |
1. Ryan K. J., Ray CG (editors). Sherris Medical Microbiology
2. Mycobacterium tuberculosis pathogenesis and molecular determinants of virulence, Issar Smith .
3. Leprosy, Clinical Microbiology Reviews, Hastings RC, Gillis TP, Krahenbuhl JL, Franzblau SG (1988).
4. Ueber Syphilis- und Smegma- Bacillen, Georg Klemperer
5. The carcinogenicity of smegma: debunking a myth, R S Van Howe, F M Hodges.
6. Классификация M. smegmatis в NCBI.
8. М. И. Перельман. Национальное руководство. Фтизиатрия.
RAPIDLY GROWING, ACID FAST BACTERIA, Ruth E. Gordon, Mildred M. Smith.