Работа с UniProt.

Введение

Mycolicibacterium smegmatis(Mycobacterium smegmatis) - это кислотоустойчивая палочка[1], которая входит в один род с возбудителями туберкулеза и проказы[2][3]. Эта бактерия была впервые выделена из смегмы[4], но туда она, по видимому, попадает случайно, так как чаще ее находят в почве[5].

Систематическое положение M. smegmatis[6].
Домен Bacteria
Филум Actinobacteria
Порядок Corynebacteriales
Семейство Mycobacteriaceae
Род Mycobacterium
Вид Mycobacterium smegmatis

Общие данные о белке

Фосфотидил-мио-инозитол маннозилтрансфераза(PIMa) катализирует реакцию переноса маннозного остатка с ГДФ-маннозы на фосфотидил-мио-инозитол[7]. В дальнейшем из этого продукта синтезируются липоманнан и липоарабиноманнан, которые являются важными компонентами клеточных стенок микобактерий[8].

Таблица 1[7].
Раздел UniProtKB Swiss-Prot
Uniprot ID PIMA_MYCS2
UniProt AC A0QWG6; I7FCT3;
EMBL AC CP000480; CP001663
PDB ID 2GEJ; 2GEK; 4N9W; 4NC9
Длина 386
Молекулярная масса 41220 MW
Рекомендуемое название по UniProt Phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase, EC 2.4.1.345

pic

Последовательность полная, референсная.

Сеансы поиска в UniProt.

  • Запрос proteome:"up000000757" OR proteome:"up000006158" выдает все белки, которые встречаются в тех же протеомах, что и данный белок.

  • По запросу name:"phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase" было найдено 227 белковых последовательностей, 6 из которых из Swiss-prot.

  • Поиск name:"phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase" NOT taxonomy:"mycobacterium" выдал 133 записей, единственная последовательность из Swiss-prot относится к организму из рода Propionibacterium.

  • Поиск по name:"phosphatidyl-myo-inositol mannosyltransferase" AND taxonomy:"mycobacterium" показал 47 записей, из Swiss-prot найдено 5.

Все фосфотидил-мио-инозитол маннозилтрансферазы были найдены (среди последовательностей из Swiss-prot) только в двух родах бактерий: Mycobacterium, Propionibacterium.

Кластеры

Запрос по UniRef выдал 3 кластера. Для UniRef100_A0QWG6, UniRef90_A0QWG6 и UniRef50_A0QWG6 данная последоватльность оказалась репрезентативной, но не являлась сидом.

pic

В кластеры UniRef100_A0QWG6 и UniRef90_A0QWG6 вошли последовательности организмов только из рода Mycobacterium. Список организмов, чьи последовательности представлены в кластере UniRef50, значительно длиннее.

Сравнение протеомов.

Для сравнения был взят протеом хозяина данного белка Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis), ID: UP000000757. В качество референсного был выбран протеом туберкулезной палочки Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) с ID: UP000001584.

Результаты сравнения протеомов M. tuberculosis и M. smegmatis.
Организм Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium smegmatis
Общее количество белков 3993 6602
Белков в базе Swiss-prot 2255 580
Трансмембранные 683 1069
Ферменты 1238 1402
Lipidation 45 6

Запросы, используемые для сравнения протеомов M. tuberculosis и M. smegmatis.
Что искалось Текст запроса туберкулезной палочки Запрос для M. smegmatis
Общее количество белков organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757
Белков в базе Swiss-prot reviewed:yes AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 reviewed:yes AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757
Трансмембранные annotation:(type:transmem) AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 annotation:(type:transmem) AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757
Ферменты ec:* AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 ec:* AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757
Lipidation annotation:(type:lipid) AND organism:"Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) [83332]" AND proteome:up000001584 annotation:(type:lipid) AND organism:"Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) [246196]" AND proteome:up000000757

Ссылки.

1. Ryan K. J., Ray CG (editors). Sherris Medical Microbiology

2. Mycobacterium tuberculosis pathogenesis and molecular determinants of virulence, Issar Smith .

3. Leprosy, Clinical Microbiology Reviews, Hastings RC, Gillis TP, Krahenbuhl JL, Franzblau SG (1988).

4. Ueber Syphilis- und Smegma- Bacillen, Georg Klemperer

5. The carcinogenicity of smegma: debunking a myth, R S Van Howe, F M Hodges.

6. Классификация M. smegmatis в NCBI.

7. Страница PIMa в Uniprot.

8. М. И. Перельман. Национальное руководство. Фтизиатрия.

Дополнительная литература.

RAPIDLY GROWING, ACID FAST BACTERIA, Ruth E. Gordon, Mildred M. Smith.