STRUCTURAL ANNOTATION OF THE CONSERVED CARBOHYDRATE ESTERASE V FROM SHIGA TOXIN-ENCODING BACTERIOPHAGE PHI24B
Для скачивания скрипта пройдите по ссылке.
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
|---|---|---|---|
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(Gly437)-O(Glu434) | 2.77 | 149.9 |
| 2 | N(Ser438)-O(Ser435) | 3.02 | 167.5 |
| 3 | N(Asn561)-O(Ala558) | 3.0 | 158.8 |
| - | Среднее значение | 2.93 | 158.73 |
| Бета-слои | |||
| 1 | N(Glu479)-O(Ser445) | 2.78 | 148.5 |
| 2 | N(Val477)-O(Ser447) | 2.88 | 154.1 |
| 3 | N(Thr425)-O(Val638) | 2.86 | 160.2 |
| - | Среднее значение | 2.84 | 154.27 |
Полученные средние значения лежат в интервале от 2.84 до 2.93 Å, что соответствует интервалу длин водородных связей в белке [1],[2]. Угол водородных связей входит в интервал от 120° до 180°, что также согласуется с литературными данными [3].
1. Gerhard W, Arthur P, Kurt W. Hydrogen bond length and proton NMR chemical shifts in proteins. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 18, 5948–5949.
2. Stickle DF, Presta LG, Dill KA, Rose GD. Hydrogen bonding in globular proteins. J Mol Biol. 1992 Aug 20;226(4):1143-59.
3. Arunan, Elangannan, Desiraju, Gautam R., Klein, Roger A., Sadlej, Joanna, Scheiner, Steve, Alkorta, Ibon, Clary, David C., Crabtree, Robert H., Dannenberg, Joseph J., Hobza, Pavel, Kjaergaard, Henrik G., Legon, Anthony C., Mennucci, Benedetta and Nesbitt, David J.. Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011). Pure and Applied Chemistry, vol. 83, no. 8, 2011, pp. 1637-1641.