Практикум 2. Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК.

Задание 1.

Ссылки на полученные структуры ДНК:

Задание 2.

Таблица 1. Характеристики различных форм ДНК
	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая/левая)	Правая	Правая	Левая
Число оснований на виток	11	10	12
Шаг спирали, Å	29	34	43,5
Ширина большой бороздки, Å	16,81	17,21	18,17
Ширина малой бороздки, Å	7,98	11,69	6,95

Рис. 1. Большая и малая бороздки ДНК в B-форме.

Было рассмотрено основание на цепи B ДНК в B-форме (файл gatc-b.pdb).

Рис. 2. Атомы основания, обращённые в сторону малой (синим) и большой (красным) бороздок.

В сторону большой бороздки "смотрят" атомы T31.O4, T31.C4, T31.C5, T31.C6 и T31.C7.

В сторону малой бороздки "смотрят" атомы T31.N1, T31.C2, T31.O2 и T31.N3.

Задание 3.

Упражнение 2.

Была проанализирована структура водородных связей в молекуле тРНК 1gtr с использованием программ find_pair и analyze.

Координаты стеблей: акцепторный стебель (1-6 и 65-70), d-стебель (9-11 и 22-24), антикодоновый стебель (25-32 и 36-43), псевдоуридиновое плечо (48-52 и 60-64).

Неканонические пары:

1.13A-20A

2.14G-47C

3.36A-32U

4.37U-31U

5.43C-25A

6.12A-44A

7.53U-57A

8.54U-17G

Дополнительные пары, не участвующие в образовании стеблей:

1.12A-44A

2.13A-20A

3.14G-47C

4.18G-55C

5.53U-57A

6.54U-17G