Для программы для поиска комплементарных участков einverted использовались следующие параметры: -gap 3, -threshold 9, -match 5, -mismatch -4.
| Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1gts.pdb. | |||
|---|---|---|---|
| Участок структуры | Позиции в структуре(по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-1-6-3'; 5'-65-70-3' (6 пар) | 5/6 пар | 6/6 пар |
| D-стебель | 5'-9-11-3'; 5'-22-24-3' (3 пары) | 0/3 пар | 3/3 пары |
| T-стебель | 5'-36-43-3'; 5'-25-32-3' (8 пар) | 5/8 пар | 5/8 пар |
| Антикодоновый стебель | 5'-48-54-3'; 5'-64-57-3' (7 пар) | 0/7 пар | 5/7 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 10 | 19 |
Нумерация нуклеотидов с 1.
Из таблицы видно, что алгоритм Зукера более точен.
| Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1gts.pdb. | |||
|---|---|---|---|
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| Остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 20 | 24 |
| Остатками фосфорной кислоты | 6 | 4 | 0 |
| Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 1 | 0 | 1 |
| Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 4 | 5 | 9 |
ДНК-белковые контакты были визуализированы с использованием программы nucplot. Результаты представлены ниже.
ДНК-белковые контакты были визуализированы с использованием программы nucplot. Результаты представлены в PDF-файле. Больше всего контактов с ДНК у Tyr41 (3 контакта). Возможно, Arg23 наряду с Tyr41 является наиболее важным аминокислотным остатком для связывания с ДНК, так как тоже имеет 2 водородные связи с ДНК, которые образованы напрямую, а не через молекулы воды.
