Блок 2, практикум 6, анализ секвенирования по Сэнгеру
1. Анализ прямой и обратной хроматограмм.
Прямая хроматограмма
Обратная хроматограмма
Выравнивание хроматограмм
Консенсусная последовательность
Выравнивание в формате FASTA
| Таблица 1. Характеристика хроматограмм |
|---|
| Хроматограмма | 31_F.ab1 | 31_R.ab1 |
|---|
| Длина хроматограммы | 378 | 383 |
| Длина начального нечитаемого участка | 17 | 28 |
| Длина конечного нечитаемого участка | 4 | 0 |
| Процент нераспознанных нуклеотидов (средний по последовательности) | 6.35% | 7.05% |
2. Исправления
Рис. 1. Нуклеотиды не были распознаны
на прямой хроматограмме,
восстанавливаются по обратной.
Рис. 2. Нуклеотиды не были распознаны
на обратной хроматограмме,
восстанавливаются по прямой.
Рис. 3. Полиморфизм A/C/G
на обратной хроматограмме,
на прямой сигнала нет,
заменяем на V.
Рис. 4. 3 полиморфизма T/A/C
на прямой хроматограмме,
на обратной сигнала нет,
заменяем на H.
3.Пример нечитаемого участка хроматограммы
В качестве примера плохой хроматограммы был выбран файл kamp3_18SIII_R_F04_WSBS-Seq-1-08-15.ab1 из директории P:\y19\term3\block2\ab1_files\bad
Рис. 5. Нечитаемый участок хроматограммы, видно два пятна краски.