Блок 2, практикум 7, работа с нуклеотидными базами данных

1. Описание сборки генома эукариотического организма.

Гладкая шпорцевая лягушка (Xenopus laevis) - вид лягушек из южной Африки. Представители этого вида ведут полностью водный образ жизни. Из-за удобства работы с эмбрионами этой амфибии она используется в качестве модельного объекта в эмбриологии и биологии развития. Также эти лягушки содержатся в аквариумах в качестве домашних животных.

База данных NCBI Genome содержит 2 сборки генома данного вида. Была выбрана сборка Xenopus_laevis_v10.1 - т.к. она более новая и указывается как репрезентативная на этой странице с описанием генома.

frog — Рис. 1. Гладкая шпорцевая лягушка. Взят из [1].

Характеристика сборки генома:

AC в RefSeq: GCA_017654675.1

Уровень сборки: Хромосомный

Общая длина: 2742.47 млн п.о.

Количество контигов: 716

N50 контигов: 22,451,507

L50 контигов: 35

Количество скэффолдов: 55

N50 скэффолдов: 155,250,555

L50 скэффолдов: 8

Контиг в формате .fasta

2. Геномы прокариотических вирусов.

Был выполнен запрос: Inoviridae[Organism] AND 5000:6000[Sequence Length] AND complete genome. Число находок - 58. Был выбран геном вируса Alteromonas phage phiAFP1

AC: MT975991.1

Вирус: Alteromonas phage phiAFP1 (TaxID: 2776771)

Геном: кольцевая оцДНК

Хозяин вируса: морская гамма-протеобактерия Alteromonas macleodii

Ссылка на файл .fasta с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS)

3. 5 ключей из таблицы локальных особенностей (feature table).

1. J_segment

Соединительный сегмент легких и тяжелых цепей иммуноглобулина, цепей альфа, бета и гамма Т-клеточного рецептора

NG_005612:

J_segment       3167582..3167619
                     /gene="Igkj1"
                     /gene_synonym="Igk-J1"
                     /standard_name="IGKJ1"
                     /db_xref="GeneID:110759"

2. polyA_site

Сайт на транскрипте, к которому будет присоединен полиА-хвост в процессе полиаденилирования

NR_174113:

polyA_site      4965
                     /gene="BMF"
                     /note="major polyA site"

3. protein_bind

Сайт нековалентного связывания белка с нуклеиновой кислотой

MT090064:

protein_bind    205..219
                     /gene="KAP8"
                     /bound_moiety="octamer binding protein"

4. precursor_RNA

РНК любого типа, которая еще не созрела(не прошла процессинг).

NR_039663:

precursor_RNA   1..75
                     /gene="MIR4458"
                     /gene_synonym="mir-4458"
                     /product="microRNA 4458"
                     /db_xref="GeneID:100616142"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:41674"
                     /db_xref="miRBase:MI0016804"

5. repeat_region

Регион генома, содержащий повторы

NZ_JAJQMQ010000017:

repeat_region   92354..92809
                     /inference="COORDINATES: alignment:crt:1.2"
                     /inference="COORDINATES: alignment:pilercr:v1.02"
                     /rpt_family="CRISPR"
                     /rpt_type=direct
                     /rpt_unit_range=92476..92504
                     /rpt_unit_seq="cggtttatccccgctggcgcggggaactc"

Список литературы

1. Гладкая шпорцевая лягушка на Википедии