Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Для дальнейшей работы были выбраны следующие 8 видов:

Таблица 1. Выбранные бактерии
НазваниеМнемоника
Acidothermus cellulolyticusACIC1
Arthrobacter sp.ARTS2
Bifidobacterium longumBIFLO
Clavibacter michiganensisCLAMS
Leifsonia xyliLEIXX
Nocardioides sp.NOCSJ
Streptomyces avermitilisSTRAW
Thermobifida fuscaTHEFY

1. Скобочная формула дерева

((((STRAW, THEFY),ACIC1),NOCSJ),(((LEIXX, CLAMS),ARTS2),BIFLO));

2. Нетривиальные ветви дерева

{STRAW, THEFY} VS {ACIC1,NOCSJ,LEIXX,CLAMS,ARTS2,BIFLO}

{STRAW, THEFY,ACIC1} VS {NOCSJ,LEIXX,CLAMS,ARTS2,BIFLO}

{STRAW, THEFY,ACIC1,NOCSJ} VS {LEIXX,CLAMS,ARTS2,BIFLO}

{STRAW, THEFY,ACIC1,NOCSJ,BIFLO} VS {ARTS2,LEIXX,CLAMS}

{STRAW, THEFY,ACIC1,NOCSJ,BIFLO,ARTS2} VS {LEIXX,CLAMS}

3. Таксономическое положение бактерий

Все бактерии принадлежат классу Actinomycetia. Клада, выделенная красным состоит из представителей порядка Micrococcales. Зеленым выделены представители семейства Microbacteriaceae.

Таблица 2. Таксономия бактерий
ВидТаксономическое положение
Acidothermus cellulolyticusBacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus
Arthrobacter sp. Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Micrococcaceae; Arthrobacter; unclassified Arthrobacter
Bifidobacterium longumBacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium
Clavibacter michiganensisBacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter
Leifsonia xyliBacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Leifsonia
Nocardioides sp. Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Propionibacteriales; Nocardioidaceae; Nocardioides; unclassified Nocardioides
Streptomyces avermitilisBacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces
Thermobifida fusca Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida