Практикум 11. Базы данных.

Для дальнейшей работы был выбран 1 ID из списка, а именно - STS, а также база данных KEGG.

С главной страницы сайта я выполнил поисковый запрос "STS" по всему KEGG.

На двух изображениях ниже видна часть результатов поиска.

Я перешел по первой ссылке из KEGG GENES, оказавшись на странице с информацией по данному белку. Он является белком Homo sapiens, ассоциированным с убиквитином и содержащим SH3-домен. На странице также приведена последовательность этого белка, последовательность ДНК (CDS) соответствующая этому белку, ссылки на 3D-структуру белка, его классификация как фермента, информация о доменах, входящих в его состав и т.д. Подробнее я напишу ниже.

На двух изображениях ниже показана информация о ферментативной активности данного белка. Белок является протеин-тирозин-фосфатазой (гидролазой, расщепляющей эфирную связь O-P). На нижнем изображении показана реакция, которую катализирует данный фермент.

На изображении ниже приведен список доменов, входящих в состав этого белка и ссылки на эти домены в Pfam.

Таким образом, с помощью базы данных KEGG мы получили достаточно полное представление о функции данного белка - он является протеин-тирозин-фосфатазой человека, ассоциированной с убиквитином и включающей в свой состав такие домены, как SH3 и UBA/TS-N. Отмечу, что кроме приведенных выше данных, KEGG также содержит информацию о метаболических путях, в которых задействованы ферменты.