В этом практикуме ведётся работа с файлами формата *.pdb. Мой белок имеет идентификатор 7KQO. Это неструктурный вирусный белок Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2.
В приведённом окне изображена молекула белка. Нажмите на кнопку "Start script", чтобы запустить сценарий, и "Resume", чтобы продолжить.
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| # | Имена атомов | Длина связи N—O, Å | Угол N—H—O, ° |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(68TYR)-O(64GLU) | 2,96 | 160,4 |
| 2 | N(67ASP)-O(63VAL) | 3,17 | 161,2 |
| 3 | N(70ALA)-O(66ASP ) | 2,99 | 159,6 |
| Бета-складки | |||
| 1 | N(10LEU)-O(18ILE) | 2,88 | 148,4 |
| 2 | N(ILE18)-O(LEU10) | 2,8 | 153,7 |
| 3 | N(152TYR)-O(122LEU) | 2,89 | 166,4 |
Согласно литературе, идеальное значение длины водородной связи в альфа-спирали составляет 3,03Å, а значение угла - 153°.
А значение водородной связи между двумя бета-скалдками составляет 2,94Å, а угол, также как и в альфа-спиралях - 153°.
Отметим, что наши данные отличаются от идеальных значений, пусть и не сильно.
[1] Cooperative effects in hydrogen-bonding of protein secondary structure elements: a systematic analysis of crystal data using Secbase, Koch O., Bocola M., Klebe G., DOI: 10.1002/prot.20613