Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК¶
Задание 1¶
Структуры ДНК были получены с помощью программы "fiber" из пакета "3DNA". Так как Z-форма не может состоять из предложенных четырех типов нуклеотидов, ее структура состоит из 10 раз повторяющихся пар G-C.
Ссылки на полученные файлы:
Задание 2¶
Для определения направленных в сторону большой и малой бороздки атомов был рассмотрен аденин A5 pdb структуры 1bna (B-form). Изображение атомов, направленных в сторону большой (красный) и малой бороздки (синий) представлены ниже.
| Таблица 1: Характеристики A-, B- и Z- форм ДНК | |||
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 33,82 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.81 (31:B.P-12:A.P) | 17.21(8:A.P-30:B.P) | 14.73(14:B.P-8:A.P) |
| Ширина малой бороздки | 7.98(7:A.P-28:B.P) | 11.69 (30:B.P-15:A.P) | 7.199(17:B.P-7:A.P) |
Задание 3¶
Анализ проведен с помощью команды "analyze" из "find_pair" из пакета "3DNA", для перевода PDB файла в старый формат использовалась команда "remediator".
Углы α- и ε- оказались непохожи ни на A-, ни на B-формы ДНК, т.к. они должны быть положительными, а в тРНК, преимущественно отрицательные значения. Углы δ- и χ- похожи на A-форму. ζ-угол напоминает B-форму. β- и γ-углы принимают значения, средние между двумя формами ДНК.
3.2 Водородные связи¶
Координаты стеблей: 1-7, 8-14, 15-21, 22-25
Неканонические пары:
2 (0.008) ....>C:.502:[..G]G-*---U[..U]:.571:C<.... (0.007)
7 (0.004) ....>C:.507:[..A]A-----U[..U]:.566:C<.... (0.004)
13 (0.007) ....>C:.554:[..U]U-**--A[..A]:.558:C<.... (0.003)
14 (0.009) ....>C:.555:[..U]U-**+-G[..G]:.518:C<.... (0.014)
15 (0.006) ....>C:.538:[..A]A-**--C[..C]:.532:C<.... (0.006)
21 (0.011) ....>C:.544:[..A]A-**--G[..G]:.526:C<.... (0.009)
25 (0.007) ....>C:.513:[..U]U-*---G[..G]:.522:C<.... (0.013)
27 (0.009) ....>C:.514:[..A]A-**--A[..A]:.521:C<.... (0.013)
31 (0.008) ....>D:.502:[..G]G-*---U[..U]:.571:D<.... (0.007)
Стабилизирующие связи:
26 (0.005) ....>C:.508:[..U]U-**--A[..A]:.546:C<.... (0.007)
27 (0.009) ....>C:.514:[..A]A-**--A[..A]:.521:C<.... (0.013)
28 (0.024) ....>C:.515:[..G]G-**+-C[..C]:.548:C<.... (0.013)
29 (0.012) ....>C:.519:[..G]G-----C[..C]:.556:C<.... (0.003)
