Комплексы ДНК-белок

1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Нужно было использовать различные алгоритмы дляпредсказания вторичной структуры РНК исравнить их с реальной вторичной структурой РНК. Сначала воспользовались программой einverted: image.png

Затем вторичная структура РНК была предсказана по алгоритму Зукера. У исходной тРНК (2cv0) алгоритм Зукера предсказал 21 пару азотистых оснований.

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 2cv0.pdb

Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5' -1-7- 3'
5'-66-72-3'		 предсказано 5 пар из 7 реальных Предсказаны Все пары
D-стебель 5'-49-53-3'
5'-61-65-3'		 предсказано 0 пар Предсказаны все пары
T-стебель 5'-39-44-3'
5'-26-31-3'		 предсказано 0 пар Предсказаны все пары
Антикодоновый стебель 5'-10-15-3'
5'-20-25-3'		 предсказано 0 пар Предсказаны все пары
Общее число канонических пар нуклеотидов 22 5 22

По таблице видно, что алгоритм Зукера точнее предсказывает структуру РНК.

2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Для нахождения контактов ДНК с белком был написан скрипт, который можно посмотреть здесь: Script

Контакты атомов белка с

Полярные

Неполярные

Всего

остатками 2'-дезоксирибозы

7

47

54

остатками фосфорной кислоты

25

29

54

остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки

21

0

21

остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки

13

6

19

Результат выполнения алгоритма nucplot для 1dfm: nucplot_page1.png nucplot_page2.png Аминокислотный остаток с наибольшим числом контактов: ASP 84 (4 контакта) asp84.png На мой взгляд, ASN 140 - наиболее важный для распознавания последовательностей, т.к. образует много контактов, причём затрагивает обе цепи asn140.png