Работа с нуклеотидными базами данных¶
Сборка генома Acomys russatus (golden spiny mouse)¶
Золотистая иглистая мышь — вид грызунов семейства мышиных. Населяет Египет восточнее реки Нил, южную и восточную части Синайского полуострова, Иорданию и Израиль, Саудовскую Аравию и север Йемена, Оман. Своё название вид получил за красновато-оранжевый колючий мех, который покрывает всё тело от головы до хвоста. Мех защищает животное от хищников, маскируя его среди песчаных гор. Живёт в норах в пустыне. Животное всеядное, необходимую воду получает из растений.Ведёт в основном ночной образ жизни. Половой диморфизм отсутствует.
| Общее количество сборок генома | 1 |
|---|---|
| Выбранная сборка | mAcoRus1.1 |
| AC (GenBank) | GCA_903995435.1 |
| Assembly level | Хромосомный |
| Общая длина | 2301.52 Mb (2,301,522,284 bp) |
| Число контигов | 1,502 |
| (N50, L50) контигов | 4,450,755 ; 145 |
| Число скэффолдов | 623 |
| (N50, L50) скэффолдов | 66,475,698; 14 |
| BioProject | PRJEB39768 |
| Последовательность контига | CAJFAB010000032.1 sequence.fasta |
CDS представителя Siphoviridae¶
Запрос: 10000:20000[SLEN] AND Siphoviridae[ORGANISM] AND Complete genome .¶
Количество находок: 231 из GenBank и 21 из refseq. Ссылка на страницу с результатом поиска
| AC записи | MK894434.1 |
|---|---|
| Организм | Microbacterium phage LaviMo |
| Таксономия | Viruses; Duplodnaviria; Heunggongvirae; Uroviricota; Caudoviricetes; Caudovirales; Siphoviridae. |
| TaxID | 2590879 |
| Тип генома | Линейная двуцепочечная ДНК |
| Хозяин | Microbacterium foliorum NRRL B-24224 SEA |
| Файл с CDS белков | sequence.txt |
Получен файла с CDS: Send to - Coding Sequences - Download features. FASTA Nucleotide.
Ключи локальных особенностей¶
AC NC_002670¶
mobile_element - область генома, содеожащая мобильный элемент¶
AC CP050865¶
ncRNA ген, не кодирующий белок, отличный от рибосомной и транспортной РНК, функциональной молекулой которого является РНК-транскрипт.¶
AC CP050865¶
tRNA ген, не кодирующий белок, небольшой молекулы РНК, которая опосредует трансляцию последовательности нуклеиновой кислоты в аминокислотную последовательность¶
AC MN186586¶
D-loop область в митохондриальной ДНК, в которой короткий участок РНК спарен с одной цепью ДНК, смещая исходную цепь партнерской ДНК в этой области; также используется для описания замещения участка одной цепи дуплексной ДНК одноцепочечным захватчиком в реакции, катализируемой белком RecA.¶
AC KY611371¶
