Bulbul coronavirus HKU11

Введя в поисковую строку NCBI 'Coronaviridae', я увидела 72 результата. Решила выбирать по названию. Заинтиросавал Bulbul coronavirus. Вот некоторая информация: представляет собой одноцепочечный РНК - дельтакоронавирус птичьего происхождения, обнаруженный в Light-vented bulbul, китайских птичках. Варианты перевода названия птички на русский язык очень даже забавные - Китайским настоящий бюльбюлем, а если дословно Лампочка с вентиляцией или Светопроницаемый бюльбюль.

Так вот, было решено раьотать с этим геномом геномом.

MEME

Был подготовлен входной файл.

Для поиска мотива сигнала TRS был использован сервис MEME cо следующими параметрами:

Результат - найденна шестибуквенная консенсусная последовательность ACCAA с неплохим p-value в каждом из 9 генов:

FIMO

Теперь помощью FIMO и полного генома выбранного вируса проверем PWM.

Результат FIMO: найдены встречи входного мотива ACCAA независимо, с P-value 0,0001. Ничего лишнего и странного, на мой взгляд, не обнаружена. Считаю, что все было построено верно.