GO Enrichment Analysis

  1. Файл list5.txt, в котором находятся 10 ID

  2. В обогощении 10 участвовали, то есть все.

  3. В выдаче 14 GO terms. Привожу в таблице ниже, отсортированной по FDR.

  4. Homo sapiens (REF) # expected Fold Enrichment +/- raw P value FDR
    amino-acid betaine metabolic process (GO:0006577) 18 2 0.01 + > 100 4.01e-05 0.0452
    generation of precursor metabolites and energy (GO:0006091) 402 4 0.2 + 20.49 2.84e-05 0.0373
    primary alcohol catabolic process (GO:0034310) 15 2 0.01 + > 100 2.87e-05 0.0348
    ethanol oxidation (GO:0006069) 12 2 0.01 + > 100 1.92e-05 0.0303
    ethanol catabolic process (GO:0006068) 12 2 0.01 + > 100 1.92e-05 0.0276
    alcohol metabolic process (GO:0006066) 332 4 0.16 + 24.81 1.35e-05 0.0237
    organic hydroxy compound catabolic process (GO:1901616) 79 3 0.04 + 78.21 7.14e-06 0.0188
    primary alcohol metabolic process (GO:0034308) 85 3 0.04 + 72.69 8.84e-06 0.0174
    amino-acid betaine biosynthetic process (GO:0006578) 7 2 0.0 + > 100 7.62e-06 0.0172
    organic hydroxy compound metabolic process (GO:1901615) 484 5 0.24 + 21.28 1.68e-06 0.0133
    small molecule catabolic process (GO:0044282) 409 5 0.2 + 25.18 7.41e-07 0.0117
    alcohol catabolic process (GO:0046164) 56 3 0.03 + > 100 2.64e-06 0.0104
    small molecule metabolic process (GO:0044281) 1623 7 0.79 + 1988-08-01 00:00:00 1.86e-06 0.00976
    cellular aldehyde metabolic process (GO:0006081) 57 3 0.03 + > 100 2.78e-06 0.00876

  5. Граф, построенный по 5 значимым GO terms,с помощью QuickGO. image.png

  6. Граф имеет общую ветвь, которая отвечает за переработку этанола. Все ветви напрямую связаны друг с другом, между приведенными на рисунке узлами имеются только "is a" отношения. Например, small molecule catabolic относится к small molecule metabolic.

  7. Большинство GO terms связаны с метаболическими путями этанола. Для некоторых, не включённых в граф, это видно даже из названия, например, alcohol catabolic process (GO:0046164). Можно выделить некоторые группы: amino-acid betaine biosynthetic process, cellular aldehyde metabolic process, ethanol catabolic process и ethanol oxidation.