Terms
|
Other results
|
Home page
|
| |
|
Отчет по Credit1. (Вариант 2)
- Для выполнения работы было предложено использовать последовательность извлеченную из записи имеющую в EMBL AC - AALF01000001 с 63001-70000 нуклеотид. Затем при помощи программы getorf из заданного фрагмента вычислялись все возможные рамки. Для этого использовались соответствующие параметры этой программы.
- -minsize 240 (в соответствии с тем, что указанно в задании: минимальный размер предполагаемых генов 240)
- -find 1 (из всех предложенных вариантов возможно было выбрать два – 1 и 3 но если выбрать 3 оставить последовательность в нуклеотидном виде то пришлось бы использовать программу BLASTX т.к. база для поиска была дана белковая а транслировать только–что полученные рамки еще раз в 6-и рамках было бы не разумно. Поэтому был выбран способ 1, т.е. преобразование рамок в аминокислотную последовательность и поиск программой BLASTP )
- -table 11(к сожалению, на контрольной (в виду отсутствия времени для полного изучения всех возможных вариантов) была использована стандартная таблица для всех организмов (0). Но на данный момент ошибка исправлена (и использована стандартная таблица кодонов для бактерии) необходимые файлы с уже большим количеством гомологов представлены в этой же директории с обозначением *_2.* где * - исходные обозначения. (дальнейшее описание идет по новым файлам))
-
5’—[=>gen YCFH_ECOLI 5..556]—[=> gen PTGCB_ECOLI 876..2306]—
—[=> gen YCFF_ECOLI 2749..3099]—[=> gen YCFL_ECOLI 3154..3540]—
—[=>gen YCMF_ECOLI 3561..4157]—[=> gen THIK_ECOLI 4141..5004]—
—[=>gen NAGZ_ECOLI 5107..6132]—[=> gen YCFP_ECOLI 6211..6756]—3’
Красным отмечены места перекрывания рамок. Надо заметить, что рамки с комплиментарной цепи не имеют ни одного реального гомолога, это может означать, что данные начала “генов” могут попадать в не кодирующие участки. Так же отсутствует гомолог последней рамки обычной цепи.
Теперь посмотрим на перекрывание рамок. В данном случае это фрагмент
—[=>3561..4157]—[=>4141..5004]— Понятно, что рамка второго белка сдвинута(это просто проверить посчитав разницу между началами и поделив на 3).Если посмотреть на выравнивание второго фрагмента, то видно, что схожая часть начинается примерно с 30 остатка. А следовательно можно предположить, что «функционально нагруженная(аналогичная функциям того белка)» часть белка последняя и не очень важно, что начало залезает в «чужую рамку» и приобретает предопределенную последовательность(ее задает предыдущий белок а он, как можно предположить по выравниванию, является полностью значимым).
- Для удобства сравнения взаимного расположения изо всех координат вычтено 1150000
YCFH_ECOLI [6000..6797]
PTGCB_ECOLI [7092..8525]
YCFF_ECOLI [11108..11467]
YCFL_ECOLI [11470..11847]
YCMF_ECOLI [11861..12502]
THIK_ECOLI [12483..13307]
NAGZ_ECOLI [13318..14343]
YCFP_ECOLI [14336..14908]
Как видно пересекающиеся рамки можно обнаружить и в геноме кишечной палочки. Надо заметить, что это как раз те два гена, которые пересекаются в заданном участке что может говорить не только о близкородственных отношениях между конкретно этими двумя генами но и геномов в целом. Или о довольно консервативной группе белков, которые из организма в организм не только сохраняют свою структуру но и взаимное расположение на геномах
|