Terms
|
Other results
|
Home page
|
| |
|
Статистические данные о геноме приведены в табл.1 Они взяты с сайта
http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html
| Хромосома или плазмида |
Число пар нуклеотидов |
Число генов |
Суммарная длина генов (% от длины хромосомы или плазмиды) |
Суммарная длина межгенных промежутков (%) |
GC состав (%) |
| кольцевая |
1 799 146 |
1 875 |
7% |
93% |
35.9% |
| итого(*) |
1 799 146 |
1 875 |
7% |
93% |
35.9% |
Я вычислил длины межгенных промежутков в хромосоме 1, используя таблицу (см. выше). Оказалось, что средняя длина межгенных промежутков – 892 пар оснований (п.о), тогда как средняя длина генов 250 п.о.(см. таблицу по белкам) Скорее всего обилие ничего не значащих мест, помогает геному бактерии сохранить свою целостность и иметь меньшую вероятность повреждения несущей информации при повреждении отдельных нуклеотидов.
По данным с сайта (3) число белков протеома H.hepaticus совпадает с числом генов. Однако при проверке этого факта с помощью файла *.fasta оказалось, что в нем не хватает 3-х белков.
Самый большой белок состоит из 1870 аминокислотных остатков (а.о.), тогда как самый маленький – всего из 30 а.о. (см. файл Hhepaticus.xls). Наиболее часто встречаются белки ~250 а.о.
Используя файл базы белков *.fasta и с помощью небольшой программы вывел в итоговый файл список длина – кол-во белков. После этого построил гистограмму(см. xls файл), но более наглядным является распределение с сайта (3).
| 14.12.06 [1]
[3] |
© Rhymester Dan
|
|