Practice2 Design by Rhymester Dan
mailto:KovrovDV@rambler.ru
kodomo.fbb.msu.ru
Terms
Other results
Home page
 

  1. Сравнение разных записей в EMBL
  2. Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
    Класс данных
    Раздел EMBL
    Дата создания
    документа
    Описание
    Длина последовательности
    AP009048 genomic DNA STD(Standard) PRO(Prokaryotes) 22-JAN-2006 Escherichia coli W3110 DNA, complete genome. 4646332
    J01619 genomic DNA STD(Standard) PRO(Prokaryotes) 25-FEB-1991 Eschericia coli gltA gene, sdhCDAB operon and sucABCD operons, complete sequence. 13063
    U00096 genomic DNA STD(Standard) PRO(Prokaryotes) 23-FEB-2006 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome. 4639675
    X15790 genomic DNA STD(Standard) PRO(Prokaryotes) 17-NOV-1989 E.coli g30 gene and sucD gene (partial), encoding a possible transcriptional regulator (P30) and succinyl-CoA synthetase alpha subunit. 1285

    Две записи соответсвуют полным геномам разных штамов бактерий(U00096,AP009048).J01619-запись соответсвует полной последовательности оперона(это видно из описания) и последний уже являеться последовательностью "ответсвенной за синтез" регулятора (P30) и белковой субъеденицы(SUCD_ECOLI).Так же аналогичное заключение можно сделать и исходя из размеров последовательности. Два из них безусловно относятся к полным геномам. Один скорее всего к оперону или аналогичной структуре и последний - маленький несет в себе информацию либо о единственном белке, либо о группе белков участвующих в одном процессе(В моем случае - регулятор).

  3. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL
  4. Последовательности, кодирующие белок SUCD_ECOLI в двух записях банка EMBL

      I II
    ID записи J01619 X15790
    Начало гена в записи 12082 931;
    Конец гена в записи 12951 >1285
    Направление гена Прямое(не та цепь с которой синтезируеться РНК) Обратное
    Примечания* Полная последовательность белка Небольшой кусок где-то с середины до конца

    Полное совпадение последовательности. За исключением того, что одна из них - полная последовательность кодирующая белок, а вторая являеться лишь частью первой. В оригинале короткая последовательность была дана в комплементарном виде и с помощью небольшой програмы(сама программа и исходники лежат в папке Practice2) она была переведена в нужную цепь и после этого строилось выравнивание в needle. Все промежуточные файлы находяться в папке Practice2.
                       1 atgtccattttaatcgataaaaacaccaaggttatctgccagggctttac     50
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                      51 cggtagccaggggactttccactcagaacaggccattgcatacggcacta    100
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     101 aaatggttggcggcgtaaccccaggtaaaggcggcaccacccacctcggc    150
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     151 ctgccggtgttcaacaccgtgcgtgaagccgttgctgccactggcgctac    200
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     201 cgcttctgttatctacgtaccagcaccgttctgcaaagactccattctgg    250
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     251 aagccatcgacgcaggcatcaaactgattatcaccatcactgaaggcatc    300
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     301 ccgacgctggatatgctgaccgtgaaagtgaagctggatgaagcaggcgt    350
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     351 tcgtatgatcggcccgaactgcccaggcgttatcactccgggtgaatgca    400
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     401 aaatcggtatccagcctggtcacattcacaaaccgggtaaagtgggtatc    450
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     451 gtttcccgttccggtacactgacctatgaagcggttaaacagaccacgga    500
                                                                           
                       0 --------------------------------------------------      0
    
                     501 ttacggtttcggtcagtcgacctgtgtcggtatcggcggtgacccgatcc    550
                                        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
                       1 ---------------gtcgacctgtgtcggtatcggcggtgacccgatcc     35
    
                     551 cgggctctaactttatcgacattctcgaaatgttcgaaaaagatccgcag    600
                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                      36 cgggctctaactttatcgacattctcgaaatgttcgaaaaagatccgcag     85
    
                     601 accgaagcgatcgtgatgatcggtgagatcggcggtagcgctgaagaaga    650
                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                      86 accgaagcgatcgtgatgatcggtgagatcggcggtagcgctgaagaaga    135
    
                     651 agcagctgcgtacatcaaagagcacgttaccaagccagttgtgggttaca    700
                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                     136 agcagctgcgtacatcaaagagcacgttaccaagccagttgtgggttaca    185
    
                     701 tcgctggtgtgactgcgccgaaaggcaaacgtatgggccacgcgggtgcc    750
                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                     186 tcgctggtgtgactgcgccgaaaggcaaacgtatgggccacgcgggtgcc    235
    
                     751 atcattgccggtgggaaagggactgcggatgagaaattcgctgctctgga    800
                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                     236 atcattgccggtgggaaagggactgcggatgagaaattcgctgctctgga    285
    
                     801 agccgcaggcgtgaaaaccgttcgcagcctggcggatatcggtgaagcac    850
                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                     286 agccgcaggcgtgaaaaccgttcgcagcctggcggatatcggtgaagcac    335
    
                     851 tgaaaactgttctgaaataaatatctgtaataagaaatagccctcgccgc    900
                         ||||||||||||||||||||                              
                     336 tgaaaactgttctgaaataa------------------------------    355
    
                     901 ttccctctacaggaatggcgaagggctgtcggtttcgacatggttggcca    950
                                                                           
                     355 --------------------------------------------------    355
    
                     951 tcgtatgatggccttttttgtgcttatcgcga    982
                                                         
                     355 --------------------------------    355
    

  5. Знакомство с записью гена из эукариотического генома
    • --[271945..272104]-- ... --[300134..300280]-->
    • Всего 6 экзонов в гене.
    • *Самый длинный интрон - 17842, самый короткий - 1477.
    • *Самый длинный экзон - 222, самый короткий - 116.
    Промежуточный Excel файл лежит в папке Practice2.