Terms
|
Other results
|
Home page
|
| |
|
Таблица 1. Выбор тРНК
| Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка
SUCD_ECOLI |
L |
| Соответствующий кодон в гене sucD |
5'-UUA-3' |
| Идеальный антикодон |
5'-UAA-3' |
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для
остатка X
(если опираться на генетический код)? |
6 |
| Сколько тРНК для остатка Leu аннотировано в геноме
кишечной палочки? |
8 |
| Характеристика выбранной для дальнейшего изучения
тРНК: |
| |
название гена |
LeuZ |
| |
координаты гена в записи EMBL |
1989839..1989925 |
| |
антикодон |
UAA |
Команда, использованная
для поиска всех лейциновых тРНК в геноме и
результаты поиска.
| запрос команды grep |
grep anticodon.*Leu ecoli.embl >> tRNA.txt |
| содержимое файла tRNA.txt |
FT /anticodon=(pos:696234..696236,aa:Leu)
FT /anticodon=(pos:1989889..1989891,aa:Leu)
FT /anticodon=(pos:3320144..3320146,aa:Leu)
FT /anticodon=(pos:3980663..3980665,aa:Leu)
FT /anticodon=(pos:4494462..4494464,aa:Leu)
FT /anticodon=(pos:4604152..4604154,aa:Leu)
FT /anticodon=(pos:4604273..4604275,aa:Leu)
FT /anticodon=(pos:4604388..4604390,aa:Leu)
|
| фрагмент описания из файла ecoli.embl соответствующий выделенной находке |
FT gene complement(1989839..1989925)
FT /gene="leuZ"
FT /locus_tag="b1909"
FT /note="synonyms: ECK1908, JWR0033"
FT tRNA complement(1989839..1989925)
FT /gene="leuZ"
FT /locus_tag="b1909"
FT /product="tRNA-Leu"
FT /anticodon=(pos:1989889..1989891,aa:Leu)
FT /note="codons recognized: UUR; anticodon: UAA leucine
FT tRNA4; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process:
FT tRNA metabolism [goid 0006399]"
|
Таблица 2. Поиск в геноме Sulfolobus solfataricus последовательностей,
сходных с Лейциновой тРНК E.coli
| Программа |
FastA |
BLASTN |
MegaBLAST |
Discontigous
MegaBLAST |
| Число находок с Е-value < 0,001 |
3 |
0 |
0 |
Нет находок |
| Характеристика лучшей находки: |
| |
E-value находки |
0.75 |
0.044 |
0.044 |
Нет находок |
| |
Номер сектора генома |
32 of 272 |
149 of 272 |
149 of 27 |
Нет находок |
| |
AC соответствующей записи EMBL |
AE006673 |
AE006790 |
AE006790 |
Нет находок |
| |
координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL |
348-374 |
8445-8464 |
8445-8464 |
Нет находок |
Аннотация лучшей находки по EMBL
(не
аннотирована, аннотирована как тоже
<Лейциновая> тРНК,
как другая тРНК etc.) |
tRNA - Ser |
Hypothetical protein |
Hypothetical protein |
Нет находок |
- fasta35
- Не смотря на высокое e-Value программа нашла участок генома, который анонсирован как tRNA - Ser. Если сравнивать эти две аминокислоты по свойствам (одна алифатическая, другая полярная незаряженная) то объеденить их можно только по отсутствию заряда, что явно недостаточно для того, чтобы предполагать сродство тРНК(точнее центров связывания с аминокислотой). Однако понятно, что все тРНК имеют более или менее сходную структуру следовательно выравнивание по небольшому участку(какое есть в данном случае) может привести к такому результату.
- BLAST/MBLAST
- Две программы показали примерно одинаковые результаты т.е. построили небольшого размера выравнивания с участками анонсированными просто,как гипотетические белки. Что может говорить о двух вариантах: 1) две программы показали слабые возможности по поиску вероятно из-за отсутствия в алгоритме механизма матриц весов(и для 4-х нуклеотидов такую впринципе можно построить) и 2) геном данной бактерии еще совсем плохо изучен и данные участки еще не анонсированны(что вряд ли т.к. тРНК не кодирующая последовательность -> врядли она окажеться в участке большого гена ответственного за синтез пусть и гипотетического белка.)
- Discontigous MegaBLAST
- Об этой программе ничего нельзя сказать, т.к. она не дала никаких результатов.
|