Отчет по практису 8

1. • Данная структура имеет pdb код - 1O0B
   • Это структура тРНК(GLUTAMINYL TRNA) комплекса вместе с белком синтазой(Лигазой) - GLUTAMINYL-TRNA SYNTHETASE(LIGASE) тРНК здесь представленна одной цепью (B) длинной 75 нуклеотидов
>
2. Последовательность ДНК выглядит так:
   UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA
   Последовательность начинается с 902 номера и заканчиваеться 976 исключая 917 номер.
3. По выдаче программой find_pair
   U GGGGUA UC GCC AAGCGGUAA GGC ACCGGAUU CUG AUUCCGGC AUUC CGAGG UUCGAAU CCUCG UACCCC AGCCA Соответственно если разметить аналогично pdb структуру(справа) и вручную сотставленая модель(слева):
   
   Скрипт создающий размоловское изображение tRNA_Script_2
4. • Пример внеспирального стекинг взаимодействия:
     
   • Пример водородных связей между основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований;
     Картинка приведена только для одной такой связи полный список представлен в файле который выдает analyze :
     "##### 8 non-Watson-Crick base-pairs, and 5 helices (1 isolated bp)"
     
   • В файле выдаваемом программой analyze для спиралей указываеться форма. Плюс к этому как доказательство можно привести вид с торца:
     
     По отверстию внутри спирали можно утверждать, что это А форма.
5. Исправления :pdb файл действительно отличался видно предыдущий скачался с ошибками, но последовательности одинаковы, а значит и результаты последних двух заданий - неизменны.
   UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA
   UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA
   
6. Программа einverted при задании большого threshhold не выдает никакого выравнивания при его понижении до 6 выдает одно выравнивание первой спирали(отмеченной зеленым). При понижении Gap penality в выравнивании появляються гэпы что немного приближает выравнивание к реальной структуре, но т.к. выравнивание линейное(т.е. нельзя выравнить участок отсюда потом из другоо места а потом между ними) то эти выравнивания не будут схожи с реальной структурой.
   Файлы с выравниванииями:
   gap penality - 1
   gap penality - 2
   gap penality - 3
   
7. Программа mFold при запуске без параметров выдает структуру не очень похожую на исходную. И только при задании процента P 20. Выдает структуру наиболее близкую к реальной. Это может происходить от того, что тРНК находиться в комплексе с белком и он ее "изгибает" и ее энергия в этом не самая выгодная с точки зрения отдельной тРНК, но с другой стороны если учитывать и энегрию белка данная конформация являеться по видимому наиболее выгодной.
   Изображение без задания P(справа) и Изображение наиболее близкое к реальной структуре (p=20)(слева):