Terms
|
Other results
|
Home page
|
| |
|
По заданию необходимо было найти ортологичный белок моему исходному белку из организма
"Холерный вибрион"(Vibrio cholerae). Такой белок был найден с ID 78%(При выравнивании BLASTP)с исходным,
а также были найдены гены обоих белков.
nucECOLI
protECOLI
nucVIBRIO
protVIBRIO
С помощью программы needle были получены два выравнивания. Одно
белковое, другое нуклеотидное.
Белковое выравнивание выравнивается хорошо и имеет высокий ID, а нуклеотидное, хоть и также имеет высокое id, имеет гэпы не кратные трем. Это говорит о том, что у одной последовательности относительно другой смещается рамка считывания.
Для исправления этой проблемы я решил изменить параметры needle. Т.к. нам не выгодны совсем короткие гэпы, то надо увеличить штраф за открывание гэпа и понизить значение штрафа на его продолжение. если поставить
их в соотношение 100 к 0.2 выравнивание становится более похоже на белковое.
На сайте в разделе "What is PAL2NAL" полностью описана спецификация сервиса PAL2NAL, которая заключается в следующем:
1) построение нуклеотидного выравнивания с разбивкой на кодоны с помощью предоставленного белкового выравнивания .
2) устранение ошибок несоотвествия белковых и нуклеотидных последовательностей, корректная работа со специфическими
участками mRNA , таких например как, polyA хвост.
3) так же PAL2NAL может работать со сдвигом рамки считывания, что необходимо в работе над псевдогенами
4) с помощью разбитого на кодоны нуклеотидного выравнивания(только для двух последовательностей) PAL2NAL может рассчитать величины коэффициентов Ka, Ks и
сооветственно Ka/Ks, что дает возможность сделать выводы о силе и направленности отбора.
В ходе работы с PAL2NAL на основе извлеченных из баз белковой
и нуклеотидной последовательностей (для белка из вибриона последовательность пришлось сделать
комплементарной, т.к. он располагается на комплементарной цепи)
было построенно
выравнивание с разбивкой на кодоны и расчитанны величины
коэффициентов:
| Ka
|
0.0867
|
| Ks
|
46.3501
|
| Ka/Ks
|
0.0019
|
На основе полученных коэффициентов можно сказать, что на даном гене виден очень сильно стабилизирующий отбор
так, как последний коэффициент сильно меньше единицы. Что в принципе,
согласуется и с общим видом выравнивания:
на белковом довольно мало несоотвествий между аминокислотами и нет гэпов,
а нуклеотидное напротив изобилует гэпами (с которыми мы боролись за счет изменения параметров needle) и несоответствиями(mismatch).
**********************************************
*******Доп задание************************
**********************************************
Сделано неверно т.к. паралоги.
По заданию иследовалось предположение о положительном отборе в семействе olfactory receptors.
Для проверки этой гипотезы были выбраны два белка из подсемейства А (до этого 2 попытки показывали очень низкое ID ~22%).
Для белков O10A2_HUMAN и O10A3_HUMAN выравнивание с помощью needle дало 56%. После выравнивания их генов с помощью PAL2NAL
было получено значение для Ka,Ks:
| Ka
|
0.3638
|
| Ks
|
2.4541
|
| Ka/Ks
|
0.1482
|
В результате мы получили значение меньше единицы, следовательно гипотеза о положительном отборе не верна.
Имеет место стабилизирующий отбор.(Возможно этот эффект проявляется только на конкретном примере
поэтому для более точного ответа наверно следует проверить не один ген).
|