Внутримолекулярные взаимодействия в структуре 2O04

Общая характеристика структуры

Название белка на русском языке: пектат лиаза

Идентификатор в базе данных PDB: 2O04

Количество цепей: 1 цепь А

Небелковые компоненты в PDB-файле: ионы CA и ALPHA-D-GALACTOPYRANURONIC кислотa

Рис.1 Общий вид структуры: N-конец находится на свободном конце темного участка цепи,С-конец находится на конце светлого участка цепи.

Анализ структуры альфа-спиралей и бета-листов в цепи A белка с кодом PDB 2О04

Белок состоит из одной цепи и содержит 11 альфа-спиралей и 5 бета-листов. На рисунке 2 показаны альфа-спираль и бета-лист, которые мы будем изучать.

Рис.2 Альфа-спираль и бета-лист на структуре цепи.Желтым цветом на рисунке выделена альфа-спираль, зеленым - бета-лист.

Шаг спирали (среднее значение) 5.6 А
Количество витков 4.5
Число аминокислот, приходящихся на один виток спирали 3.78

Рис.3 Измерение шага альфа-спирали.

На рисунке 4 изображен рассматриваеммый бета-лист, который состоит из 8 тяжей. Эти тяжи параллельны друг другу.

Рис.4 Бета-лист белка.

Внутримолекулярные взаимодействия боковых групп белка структуры 2О04

В белке имеется всего один цистеиновый остаток. Вследствии чего дисульфидных мостиков нет.

Рис.5 Изображение цистеинового остатка белка.

В молекуле белка солевые мостики могут образовываться между положительно заряженными и отрицательно заряженными остатками белка. В цепи имеется 9 солевых мостиков (см. Рис.6).

Рис.6 Изображение солевых мостиков в структуре белка.

Рис.7 Изображение одного солевого мостика в структуре белка.