Описание области контакта белка и лиганда ADA в структуре 2O04

Лиганды в структуре 2O04

В структуре имеются 5 лигандов: 3 молекулы ионов кальция и 2 молекула альфа-д-галактопуранурониковой (ALPHA-D-GALACTOPYRANURONIC) кислоты. Их примерное расположение показано на рисунке 1.

Рис.1 Нахождение лиганда в стркуткре белка. Так же показаны измерения.

Так же мною проведены измерения, которые приведены в таблице 1.

Единицы измерения Нанометры Ангстремы Метры
Длина 5,335нм 53,35 A 5,335*10(-9)м
Ширина 5,964 нм 59,64 A 5,964*10(-9)м
Высота 3,493 нм 34,93 A 3,493*10(-9) м

Таблица 1. Измерения белка.

Анализ области контакта белка из структуры PDB 2O04 и лиганда ADA

Лиганд ADA образует 5 водородных связей с структурой белка 2О04.

Рис.2 Область контакта белка структуры 2О04 с молекулой ALPHA-D-GALACTOPYRANURONIC кислоты

Рис.3 Схема, на которой праведена химическая формула лиганда и пунктиром показаны водородные связи, которые образуются между лигандом и его окружением.

Cкрипт на рисунки 1 и 2