Поиск гипотетических гомологов белка PLY_BACSU
| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
| 1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка) | |||
| Accession | P39116.1 | 1BN8 A | NP 388637.1 |
| E-value | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Вес (в битах) | 858 | 858 | 858 |
| Процент идентичности | 100,00% | 100,00% | 100,00% |
| 2. Число находок с E-value < 10–10 | 59 | 14 | 100 |
| 3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
| Номер находки в списке описаний | 100 | 19 | 913 |
| Accession | B8N316.1 | 1IDK A | EMR63924.1 |
| E-value | 0.27 | 2,00E-004 | 9,00E-011 |
| Вес (в битах) | 37 | 43,9 | 71,2 |
| % идентичности | 20 | 24 | 31 |
| % сходства | 40 | 39 | 46 |
| Длина выравнивания | 210 | 330 | 184 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Запрос: 144-346 Находка:125-297 | Запрос: 38-346 Находка: 10-276 | Запрос: 144-346 Находка:81-231 |
| Число гэпов | 44 | 84 | 35 |
Табл.1 Результаты поисков гипотетических гомологов PLY_BACSU
Во всех трех базах данных получилось найти исходный белок. Число находок по всем базам данных различается из-за того, что банк Swiss-Prot cостоит из последовательностей, которые хорошо изучены.И не для всех белков известна пространственная структура, и поэтому в банке PDB число гомологов меньше чем в двух других. База данных nr включает в себя все белковые последовательности из различных источников, поэтому число находок по ней самое большое.
Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам
Для исследование сначала мы проверели царство Eukaryota. Главным критерием для поиска было значение E-value< 0,001. В царстве Eukaryota мы нашли подходящего нам гомолога.
| Поиск по Swiss-Prot | |
| Находка в царстве Eukaryota | |
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | Q5AVN4.1 |
| E-value | 2,00E-020 |
| Вес (в битах) | 93.6 |
| % идентичности | 35 |
| % сходства | 54 |
| Длина выравнивания | 176 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Запрос: 144-317 Находка: 94-243 |
| Число гэпов | 28 |
Карты локального сходства двух последовательностей
Рис.1 Карта локального сходства белка PlY_BACSU c найденным белком. Порог E-value=10
Рис.2 Карта локального сходства белка PlY_BACSU c найденным белком. Порог E-value=0.01