Infoseq-консольная программа из пакета EMBOSS для поиска информации о белках и сиквенсах.
C помощью команды infoseq sw:ply_bacsu -outfile ~/term2/block1/pr1/2.txt запишем полную информацию о последовательности белка:
USA | Database | Name | Accession | Type | Length | Organism | Description |
sw-id:PLY_BACSU | sw | PLY_BACSU | P39116 | P | 420 | Bacillus subtilis (strain 168) | Pectate lyase (PL) (4.2.2.2) (Precursor) |
C помощью команды infoseq -only -name -accession -description -length sw:PLY_BAC* -outfile ~/term2/block1/pr1/1.txt запишем только 4, нужные нам, колонки:
Name | Accession | Length | Description |
PLY_BACSU | P39116 | 420 | Pectate lyase (PL) (4.2.2.2) (Precursor) |
Описание команд программы Infoseq
Параметр | Значение по умолчанию | описание |
-html | не используется | вывод в виде HTML |
-outfile | не используется | имя файла для вывода |
-only | не используется | вывод только указанных позиций |
-delimeter | не использутеся | задание разделителя |
-help | | вывод справки |
-columns | испoльзуется | форматирование колонками |
-ac | используется | вывод кода доступа |
-length | используется | вывод длины последовательности |
-name | использутеся | вывод названия белка |
-description | используется | вывод краткого описания |
-organism | используется | вывод названия организма |