Infoseq-консольная программа из пакета EMBOSS для поиска информации о белках и сиквенсах.

C помощью команды infoseq sw:ply_bacsu -outfile ~/term2/block1/pr1/2.txt запишем полную информацию о последовательности белка:
USADatabaseNameAccessionTypeLengthOrganismDescription
sw-id:PLY_BACSUswPLY_BACSUP39116P420Bacillus subtilis (strain 168)Pectate lyase (PL) (4.2.2.2) (Precursor)
C помощью команды infoseq -only -name -accession -description -length sw:PLY_BAC* -outfile ~/term2/block1/pr1/1.txt запишем только 4, нужные нам, колонки:
NameAccessionLengthDescription
PLY_BACSUP39116420Pectate lyase (PL) (4.2.2.2) (Precursor)

Описание команд программы Infoseq


Параметр Значение по умолчаниюописание
-html не используется вывод в виде HTML
-outfile не используется имя файла для вывода
-only не используется вывод только указанных позиций
-delimeter не использутеся задание разделителя
-help вывод справки
-columns испoльзуется форматирование колонками
-ac используется вывод кода доступа
-length используется вывод длины последовательности
-name использутеся вывод названия белка
-description используется вывод краткого описания
-organism используется вывод названия организма